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原文传递展示细胞表面蛋白质的生物囊泡及其相关方法

专利名称：	展示细胞表面蛋白质的生物囊泡及其相关方法
摘要：	本文提供展示细胞表面蛋白质的生物囊泡，以及使用此类囊泡来鉴定和表征蛋白质‑蛋白质相互作用的方法。
专利类型：	发明专利
申请人：	基因泰克公司
发明人：	N·马丁内斯-马丁;S·M·彼得森;S·曹
专利状态：	有效
申请日期：	2021-11-30T00:00:00+0800
发布日期：	2023-11-24T00:00:00+0800
申请号：	CN202180080174.1
公开号：	CN117120841A
代理机构：	北京坤瑞律师事务所
代理人：	封新琴
分类号：	G01N33/50;G;G01;G01N;G01N33;G01N33/50
申请人地址：	美国加利福尼亚州
主权项：	1.一种用于鉴定蛋白质-蛋白质相互作用的方法，所述方法包括： (a)提供固定在一个或多个固体表面上的靶多肽的集合； (b)使步骤(a)的所述集合与包含异源膜相关蛋白和膜出芽剂的生物囊泡(BV)在允许所述异源膜相关蛋白与所述靶多肽中的至少一个结合的条件下接触，其中所述异源膜相关蛋白以阈值水平或高于阈值水平在所述BV的表面上表达；以及 (c)检测所述异源膜相关蛋白与至少一个靶多肽之间的相互作用，从而鉴定蛋白质-蛋白质相互作用。 2.根据权利要求1所述的方法，其中所述靶多肽中的一个或多个被固定至所述一个或多个固体表面上的不同位置。 3.根据权利要求1或2所述的方法，其中检测相互作用包括检测在所述固体表面上的高于阈值水平的位置处的信号。 4.根据权利要求1所述的方法，其中所述膜出芽剂选自由HIV gag蛋白、Acyl.Hrs、ARRDC1和ARF6组成的组。 5.根据权利要求1至4中任一项所述的方法，其中所述膜出芽剂进一步包含可检测标志物，并且检测相互作用包括检测在所述固体表面上的高于阈值水平的位置处的所述可检测标志物的水平。 6.根据权利要求5所述的方法，其中所述可检测标志物为在底物存在下产生荧光信号的酶。 7.根据权利要求6所述的方法，其中所述酶为海肾荧光素酶(Rluc)并且所述底物为Rluc底物。 8.根据权利要求1至4中任一项所述的方法，其中所述BV包含膜标志物，并且检测相互作用包括检测在所述固体表面上的高于阈值水平的位置处的所述膜标志物的水平。 9.根据权利要求8所述的方法，其中所述膜标志物为胆固醇标志物。 10.根据权利要求9所述的方法，其中所述胆固醇标志物为AMPLEXTMRed。 11.根据权利要求1至10中任一项所述的方法，其中所述相互作用为瞬时相互作用。 12.根据权利要求1至11中任一项所述的方法，其中所述相互作用为低亲和力相互作用。 13.根据权利要求1至12中任一项所述的方法，其中所述异源膜相关蛋白为全长蛋白质。 14.根据权利要求1至12中任一项所述的方法，其中所述异源膜相关蛋白包含蛋白质片段、标签和锚。 15.根据权利要求14所述的方法，其中所述锚将所述蛋白质片段拴系于BV的膜的表面。 16.根据权利要求14或15所述的方法，其中所述锚为糖基磷脂酰-肌醇(GPI)多肽。 17.根据权利要求14至16中任一项所述的方法，其中所述标签能够直接或间接地可视化。 18.根据权利要求17所述的方法，其中所述标签包括能够使用抗体或抗体片段检测的部分。 19.根据权利要求17或18所述的方法，其中所述标签为糖蛋白D(gD)多肽。 20.根据权利要求14至19中任一项所述的方法，其中使用生物层干涉(BLI)测定来确定所述异源膜相关蛋白的表达水平。 21.根据权利要求20所述的方法，其中所述标签为gD多肽，使用抗gD抗体来检测所述异源膜相关蛋白的表达，并且所述阈值水平为1.5nm的偏移，是使用BLI测定在30℃所测量的。 22.根据权利要求17所述的方法，其中所述标签包括荧光蛋白。 23.根据权利要求1至22中任一项所述的方法，其中所述异源膜相关蛋白为跨膜受体或其片段。 24.根据权利要求23所述的方法，其中所述受体为单程跨膜(STM)受体。 25.根据权利要求14至24中任一项所述的方法，其中所述蛋白质片段为细胞外结构域。 26.根据权利要求1至25中任一项所述的方法，其中所述靶多肽的集合中的每个成员为Fc标记的细胞外结构域，并且其中所述固体表面包被有蛋白A。 27.根据权利要求26所述的方法，其中所述靶多肽的集合包括表4中的至少25％的蛋白质的细胞外结构域。 28.根据权利要求27所述的方法，其中所述靶多肽的集合包括表4中的至少50％的蛋白质的细胞外结构域。 29.根据权利要求28所述的方法，其中所述靶多肽的集合包括表4中的至少75％的蛋白质的细胞外结构域。 30.根据权利要求29所述的方法，其中所述靶多肽的集合包括表4中的至少90％的蛋白质的细胞外结构域。 31.根据权利要求30所述的方法，其中所述靶多肽的集合包括表4中的全部蛋白质的细胞外结构域。 32.一种BV，其包含(a)包含蛋白质片段、标签和锚的异源膜相关蛋白，其中所述异源膜相关蛋白存在于所述BV的外表面上，和(b)膜出芽剂。 33.一种BV，其包含(a)包含蛋白质片段、标签和锚的异源膜相关蛋白，其中所述异源膜相关蛋白存在于所述BV的外表面上，和(b)膜出芽剂，所述BV通过包括以下的过程产生：(i)提供已被修饰以表达所述异源膜相关蛋白和所述膜出芽剂的亲代细胞，以及(ii)从所述亲代细胞中分离所述BV。 34.根据权利要求32或33所述的BV，其中所述膜出芽剂选自由HIVgag蛋白、Acyl.Hrs、ARRDC1和ARF6组成的组。 35.根据权利要求32至34中任一项所述的BV，其中所述锚将所述蛋白质片段拴系于BV的脂质膜的表面。 36.根据权利要求32至35中任一项所述的BV，其中所述锚为GPI多肽。 37.根据权利要求32至36中任一项所述的BV，其中所述标签能够直接或间接地可视化。 38.根据权利要求37所述的BV，其中所述标签包括能够使用抗体或抗体片段检测的部分。 39.根据权利要求37或38所述的BV，其中所述标签为gD多肽。 40.根据权利要求37所述的BV，其中所述标签包括荧光蛋白。 41.根据权利要求32至40中任一项所述的BV，其中所述蛋白质片段为跨膜受体的细胞外结构域。 42.根据权利要求41所述的BV，其中所述跨膜受体为STM受体。 43.根据权利要求32至42中任一项所述的BV，其中所述BV在与针对所述标签的抗体接触时产生阈值水平或高于阈值水平的偏移，是使用BLI测定所测量的。 44.根据权利要求43所述的BV，其中所述标签为gD多肽，所述抗体为抗gD抗体，并且所述阈值水平为1.5nm的偏移，是使用BLI测定在30℃所测量的。 45.根据权利要求32至44中任一项所述的BV，其中所述膜出芽剂包括可检测标志物。 46.根据权利要求45所述的BV，其中所述可检测标志物为在底物存在下产生荧光信号的酶。 47.根据权利要求46所述的BV，其中所述酶为Rluc并且所述底物为Rluc底物。 48.根据权利要求32至47中任一项所述的BV，其中所述BV包含膜标志物。 49.根据权利要求48所述的BV，其中所述膜标志物为胆固醇标志物。 50.根据权利要求49所述的BV，其中所述胆固醇标志物为AMPLEXTMRed。 51.根据权利要求32至50中任一项所述的BV，其中所述BV由哺乳动物亲代细胞产生。 52.根据权利要求51所述的BV，其中所述BV为细胞外囊泡(EV)。 53.根据权利要求51所述的BV，其中所述BV为外泌体或微囊泡。 54.根据权利要求51所述的BV，其中所述BV为病毒样颗粒(VLP)。 55.根据权利要求33至54中任一项所述的BV，其中所述亲代细胞已经用编码所述异源膜相关蛋白的质粒和编码所述膜出芽剂的质粒转染。 56.一种鉴定表1的蛋白质与表2的蛋白质之间的相互作用的调节剂的方法，所述方法包括： (a)提供候选调节剂； (b)使表1的蛋白质与表2的蛋白质在所述候选调节剂存在或不存在下在允许表1的所述蛋白质与表2的所述蛋白质的结合的条件下接触，其中将相互作用的表1的所述蛋白质和表2的所述蛋白质报告在表3中；以及 (c)测量表1的所述蛋白质与表2的所述蛋白质的所述结合，其中在所述候选调节剂存在下的结合相对于在所述候选调节剂不存在下的结合的增加或减少将所述候选调节剂鉴定为表1的所述蛋白质与表2的所述蛋白质之间的所述相互作用的调节剂。 57.一种鉴定表1的蛋白质的下游活性的调节剂的方法，所述方法包括： (a)提供候选调节剂； (b)使表1的所述蛋白质与表2的蛋白质在所述候选调节剂存在或不存在下在允许表1的所述蛋白质与表2的所述蛋白质的结合的条件下接触，其中将相互作用的表1的所述蛋白质和表2的所述蛋白质报告在表3中；以及 (c)测量表1的所述蛋白质的下游活性，其中在所述候选调节剂存在下的所述下游活性相对于在所述候选调节剂不存在下的所述下游活性的改变将所述候选调节剂鉴定为表1的所述蛋白质的所述下游活性的调节剂。 58.一种鉴定表2的蛋白质的下游活性的调节剂的方法，所述方法包括： (a)提供候选调节剂； (b)使表2的所述蛋白质与表1的蛋白质在所述候选调节剂存在或不存在下在允许表2的所述蛋白质与表1的所述蛋白质的结合的条件下接触，其中将相互作用的表1的所述蛋白质和表2的所述蛋白质报告在表3中；以及 (c)测量表2的所述蛋白质的下游活性，其中在所述候选调节剂存在下的所述下游活性相对于在所述候选调节剂不存在下的所述下游活性的改变将所述候选调节剂鉴定为表2的所述蛋白质的所述下游活性的调节剂。 59.根据权利要求56所述的方法，其中所述结合的增加或减少为至少70％，是通过表面等离子体共振(SPR)测定、BLI测定或酶联免疫吸附测定(ELISA)所测量的。 60.根据权利要求57或58所述的方法，其中所述调节剂为表1或表2的所述蛋白质的所述下游活性的抑制剂。 61.根据权利要求57或58所述的方法，其中所述调节剂为表1或表2的所述蛋白质的所述下游活性的活化剂。 62.根据权利要求57或58所述的方法，其中所述下游活性的所述改变为所述下游活性的量、强度或持续时间的减少。 63.根据权利要求57或58所述的方法，其中所述下游活性的所述改变为所述下游活性的量、强度或持续时间的增加。 64.根据权利要求56至63中任一项所述的方法，其中所述调节剂为小分子、抗体或其抗原结合片段、肽、模拟物、反义寡核苷酸或小干扰RNA(siRNA)。 65.根据权利要求64所述的方法，其中所述抗原结合片段为双-Fab、Fv、Fab、Fab'-SH、F(ab')2、双体抗体、线性抗体、scFv、ScFab、VH结构域或VHH结构域。 66.根据权利要求64或65所述的方法，其中所述抗体或其抗原结合片段结合表1的所述蛋白质。 67.根据权利要求64或65所述的方法，其中所述抗体或其抗原结合片段结合表2的所述蛋白质。 68.根据权利要求56至67中任一项所述的方法，其中表1的所述蛋白质为LRRC15。 69.根据权利要求68所述的方法，其中表2的所述蛋白质为TEM1。 70.根据权利要求68或69所述的方法，其中所述下游活性为肿瘤生长。 71.根据权利要求70所述的方法，其中肿瘤生长在所述调节剂存在下减少。 72.根据权利要求71所述的方法，其中肿瘤生长减少至少20％，是在肿瘤生长测定中测量的。 73.根据权利要求68至72中任一项所述的方法，其中所述调节剂为靶向LRRC15的抗体或其抗原结合片段。 74.根据权利要求68至72中任一项所述的方法，其中所述调节剂为靶向TEM1的抗体或其抗原结合片段。 75.一种鉴定LRRC15与TEM1之间的相互作用的调节剂的方法，所述方法包括： (a)提供候选调节剂； (b)使LRRC15与TEM1在所述候选调节剂存在或不存在下在允许LRRC15与TEM1的结合的条件下接触；以及 (c)测量LRRC15与TEM1的所述结合，其中在所述候选调节剂存在下的结合相对于在所述候选调节剂不存在下的结合的增加或减少将所述候选调节剂鉴定为LRRC15与TEM1之间的所述相互作用的调节剂。 76.一种鉴定LRRC15的下游活性的调节剂的方法，所述方法包括： (a)提供候选调节剂； (b)使LRRC15与TEM1在所述候选调节剂存在或不存在下在允许LRRC15与TEM1的结合的条件下接触；以及 (c)测量LRRC15的下游活性，其中在所述候选调节剂存在下的所述下游活性相对于在所述候选调节剂不存在下的所述下游活性的改变将所述候选调节剂鉴定为LRRC15的所述下游活性的调节剂。 77.一种鉴定TEM1的下游活性的调节剂的方法，所述方法包括： (a)提供候选调节剂； (b)使TEM1与LRRC15在所述候选调节剂存在或不存在下在允许TEM1与LRRC15的结合的条件下接触；以及 (c)测量TEM1的下游活性，其中在所述候选调节剂存在下的所述下游活性相对于在所述候选调节剂不存在下的所述下游活性的改变将所述候选调节剂鉴定为TEM1的所述下游活性的调节剂。 78.根据权利要求75所述的方法，其中所述结合的增加或减少为至少70％，是通过SPR测定、BLI测定或ELISA所测量的。 79.根据权利要求76或77所述的方法，其中所述下游活性为肿瘤生长。 80.根据权利要求79所述的方法，其中肿瘤生长在所述调节剂存在下减少。 81.根据权利要求80所述的方法，其中肿瘤生长减少至少20％，是在肿瘤生长测定中测量的。 82.一种用于鉴定具有改变的结合谱的生物囊泡(BV)的方法，所述方法包括： (a)提供固定在一个或多个固体表面上的靶多肽的集合； (b)使步骤(a)的所述集合与目的BV接触； (c)检测所述目的BV与至少一种靶多肽之间的相互作用，从而鉴定相互作用谱；以及 (d)将所述目的BV的所述相互作用谱与对照BV的相互作用谱进行比较，其中所述目的BV的所述相互作用谱与所述对照BV的所述相互作用谱之间的差异将所述目的BV鉴定为具有改变的结合谱的BV。 83.根据权利要求82所述的方法，其中所述靶多肽的集合包括表4中的至少25％的蛋白质的细胞外结构域。 84.根据权利要求83所述的方法，其中所述靶多肽的集合包括表4中的至少50％的蛋白质的细胞外结构域。 85.根据权利要求84所述的方法，其中所述靶多肽的集合包括表4中的至少75％的蛋白质的细胞外结构域。 86.根据权利要求85所述的方法，其中所述靶多肽的集合包括表4中的至少90％的蛋白质的细胞外结构域。 87.根据权利要求86所述的方法，其中所述靶多肽的集合包括表4中的全部蛋白质的细胞外结构域。 88.根据权利要求82至87中任一项所述的方法，其中所述感兴趣BV为工程化改造的BV。 89.根据权利要求82至87中任一项所述的方法，其中所述目的BV源自来自受试者的样品。 90.根据权利要求89所述的方法，其中所述目的BV和所述对照BV源自不同的组织或不同的细胞类型。 91.根据权利要求89所述的方法，其中所述目的BV源自患病组织，并且所述对照BV源自健康组织。 92.一种鉴定表5的蛋白质与表6的蛋白质之间的相互作用的调节剂的方法，所述方法包括： (a)提供候选调节剂； (b)使表5的蛋白质与表6的蛋白质在所述候选调节剂存在或不存在下在允许表5的所述蛋白质与表6的所述蛋白质的结合的条件下接触，其中将相互作用的表5的所述蛋白质和表6的所述蛋白质报告在表7中；以及 (c)测量表5的所述蛋白质与表6的所述蛋白质的所述结合，其中在所述候选调节剂存在下的结合相对于在所述候选调节剂不存在下的结合的增加或减少将所述候选调节剂鉴定为表5的所述蛋白质与表6的所述蛋白质之间的所述相互作用的调节剂。 93.一种鉴定表5的蛋白质的下游活性的调节剂的方法，所述方法包括： (a)提供候选调节剂； (b)使表5的所述蛋白质与表6的蛋白质在所述候选调节剂存在或不存在下在允许表5的所述蛋白质与表6的所述蛋白质的结合的条件下接触，其中将相互作用的表5的所述蛋白质和表6的所述蛋白质报告在表7中；以及 (c)测量表5的所述蛋白质的下游活性，其中在所述候选调节剂存在下的所述下游活性相对于在所述候选调节剂不存在下的所述下游活性的改变将所述候选调节剂鉴定为表5的所述蛋白质的所述下游活性的调节剂。 94.一种鉴定表6的蛋白质的下游活性的调节剂的方法，所述方法包括： (a)提供候选调节剂； (b)使表6的所述蛋白质与表5的蛋白质在所述候选调节剂存在或不存在下在允许表6的所述蛋白质与表5的所述蛋白质的结合的条件下接触，其中将相互作用的表5的所述蛋白质和表6的所述蛋白质报告在表7中；以及 (c)测量表6的所述蛋白质的下游活性，其中在所述候选调节剂存在下的所述下游活性相对于在所述候选调节剂不存在下的所述下游活性的改变将所述候选调节剂鉴定为表6的所述蛋白质的所述下游活性的调节剂。 95.根据权利要求92所述的方法，其中所述结合的增加或减少为至少70％，是通过表面等离子体共振(SPR)测定、BLI测定或酶联免疫吸附测定(ELISA)所测量的。 96.根据权利要求93或94所述的方法，其中所述调节剂为表5或表6的所述蛋白质的所述下游活性的抑制剂。 97.根据权利要求93或94所述的方法，其中所述调节剂为表5或表6的所述蛋白质的所述下游活性的活化剂。 98.根据权利要求93或94所述的方法，其中所述下游活性的所述改变为所述下游活性的量、强度或持续时间的减少。 99.根据权利要求93或94所述的方法，其中所述下游活性的所述改变为所述下游活性的量、强度或持续时间的增加。 100.根据权利要求92至99中任一项所述的方法，其中所述调节剂为小分子、抗体或其抗原结合片段、肽、模拟物、反义寡核苷酸或小干扰RNA(siRNA)。 101.根据权利要求100所述的方法，其中所述抗原结合片段为双-Fab、Fv、Fab、Fab'-SH、F(ab')2、双体抗体、线性抗体、scFv、ScFab、VH结构域或VHH结构域。 102.根据权利要求100或101所述的方法，其中所述抗体或其抗原结合片段结合表5的所述蛋白质。 103.根据权利要求100或101所述的方法，其中所述抗体或其抗原结合片段结合表6的所述蛋白质。 104.根据权利要求92至103中任一项所述的方法，其中表5的所述蛋白质为ADGRB1。 105.根据权利要求104所述的方法，其中表6的所述蛋白质为PD-L1。 106.根据权利要求104或105所述的方法，其中所述下游活性为肿瘤生长。 107.根据权利要求106所述的方法，其中肿瘤生长在所述调节剂存在下减少。 108.根据权利要求107所述的方法，其中肿瘤生长减少至少20％，是在肿瘤生长测定中测量的。 109.根据权利要求104至108中任一项所述的方法，其中所述调节剂为靶向PD-L1的抗体或其抗原结合片段。 110.根据权利要求104所述的方法，其中表6的所述蛋白质为ICOSLG。 111.根据权利要求110所述的方法，其中所述下游活性为T细胞活化。 112.根据权利要求111所述的方法，其中T细胞活化在所述调节剂存在下增加。 113.根据权利要求112所述的方法，其中T细胞活化增加至少20％。 114.根据权利要求110至113中任一项所述的方法，其中所述调节剂为靶向ICOSLG的抗体或其抗原结合片段。 115.根据权利要求104至113中任一项所述的方法，其中所述调节剂为靶向ADGRB1的抗体或其抗原结合片段。 116.一种鉴定PD-L1与ADGRB1之间的相互作用的调节剂的方法，所述方法包括： (a)提供候选调节剂； (b)使PD-L1与ADGRB1在所述候选调节剂存在或不存在下在允许PD-L1与ADGRB1的结合的条件下接触；以及 (c)测量PD-L1与ADGRB1的所述结合，其中在所述候选调节剂存在下的结合相对于在所述候选调节剂不存在下的结合的增加或减少将所述候选调节剂鉴定为PD-L1与ADGRB1之间的所述相互作用的调节剂。 117.一种鉴定PD-L1的下游活性的调节剂的方法，所述方法包括： (a)提供候选调节剂； (b)使PD-L1与ADGRB1在所述候选调节剂存在或不存在下在允许PD-L1与ADGRB1的结合的条件下接触；以及 (c)测量PD-L1的下游活性，其中在所述候选调节剂存在下的所述下游活性相对于在所述候选调节剂不存在下的所述下游活性的改变将所述候选调节剂鉴定为PD-L1的所述下游活性的调节剂。 118.一种鉴定ADGRB1的下游活性的调节剂的方法，所述方法包括： (a)提供候选调节剂； (b)使ADGRB1与PD-L1在所述候选调节剂存在或不存在下在允许ADGRB1与PD-L1的结合的条件下接触；以及 (c)测量ADGRB1的下游活性，其中在所述候选调节剂存在下的所述下游活性相对于在所述候选调节剂不存在下的所述下游活性的改变将所述候选调节剂鉴定为ADGRB1的所述下游活性的调节剂。 119.根据权利要求116所述的方法，其中所述结合的增加或减少为至少70％，是通过SPR测定、BLI测定或ELISA所测量的。 120.根据权利要求117或118所述的方法，其中所述下游活性为肿瘤生长。 121.根据权利要求120所述的方法，其中肿瘤生长在所述调节剂存在下减少。 122.根据权利要求121所述的方法，其中肿瘤生长减少至少20％，是在肿瘤生长测定中测量的。 123.一种鉴定ICOSLG与ADGRB1之间的相互作用的调节剂的方法，所述方法包括： (a)提供候选调节剂； (b)使ICOSLG与ADGRB1在所述候选调节剂存在或不存在下在允许ICOSLG与ADGRB1的结合的条件下接触；以及 (c)测量ICOSLG与ADGRB1的所述结合，其中在所述候选调节剂存在下的结合相对于在所述候选调节剂不存在下的结合的增加或减少将所述候选调节剂鉴定为ICOSLG与ADGRB1之间的所述相互作用的调节剂。 124.一种鉴定ICOSLG的下游活性的调节剂的方法，所述方法包括： (a)提供候选调节剂； (b)使ICOSLG与ADGRB1在所述候选调节剂存在或不存在下在允许ICOSLG与ADGRB1的结合的条件下接触；以及 (c)测量ICOSLG的下游活性，其中在所述候选调节剂存在下的所述下游活性相对于在所述候选调节剂不存在下的所述下游活性的改变将所述候选调节剂鉴定为ICOSLG的所述下游活性的调节剂。 125.一种鉴定ADGRB1的下游活性的调节剂的方法，所述方法包括： (a)提供候选调节剂； (b)使ADGRB1与ICOSLG在所述候选调节剂存在或不存在下在允许ADGRB1与ICOSLG的结合的条件下接触；以及 (c)测量ADGRB1的下游活性，其中在所述候选调节剂存在下的所述下游活性相对于在所述候选调节剂不存在下的所述下游活性的改变将所述候选调节剂鉴定为ADGRB1的所述下游活性的调节剂。 126.根据权利要求123所述的方法，其中所述结合的增加或减少为至少70％，是通过SPR测定、BLI测定或ELISA所测量的。 127.根据权利要求124或125所述的方法，其中所述下游活性为T细胞活化。 128.根据权利要求126所述的方法，其中T细胞活化在所述调节剂存在下减少。 129.根据权利要求127所述的方法，其中T细胞活化增加至少20％。 130.一种用于表征细胞系的相互作用谱的方法，所述方法包括： (a)修饰所述细胞系以包含膜出芽剂；以及 (b)表征由所述细胞系产生的生物囊泡(BV)的相互作用谱。 131.一种用于表征已被修饰以包含膜出芽剂的细胞系的相互作用谱的方法，所述方法包括表征由所述细胞系产生的BV的相互作用谱。 132.一种用于鉴定细胞系的相互作用谱的变化的方法，所述方法包括： (a)修饰所述细胞系以包含膜出芽剂； (b)表征由所述细胞系在第一时间点产生的BV的相互作用谱； (c)表征由所述细胞系在第二时间点产生的BV的相互作用谱；以及 (d)将在所述第一时间点产生的所述BV的所述相互作用谱与在所述第二时间点产生的所述BV的所述相互作用谱进行比较，其中在所述第一时间点产生的所述BV的所述相互作用谱与在所述第二时间点产生的所述BV的所述相互作用谱之间的差异鉴定所述细胞系的所述相互作用谱的变化。 133.一种用于鉴定已被修饰以包含膜出芽剂的细胞系的相互作用谱的变化的方法，所述方法包括： (a)表征由所述细胞系在第一时间点产生的BV的相互作用谱； (b)表征由所述细胞系在第二时间点产生的BV的相互作用谱；以及 (c)将在所述第一时间点产生的所述BV的所述相互作用谱与在所述第二时间点产生的所述BV的所述相互作用谱进行比较，其中在所述第一时间点产生的所述BV的所述相互作用谱与在所述第二时间点产生的所述BV的所述相互作用谱之间的差异鉴定所述细胞系的所述相互作用谱的变化。 134.根据权利要求130至133中任一项所述的方法，其中所述细胞系为哺乳动物细胞系。 135.根据权利要求134所述的方法，其中所述哺乳动物细胞系为免疫细胞系、神经元细胞系或成纤维细胞系。 136.根据权利要求135所述的方法，其中所述免疫细胞系包含T细胞、B细胞或单核细胞中的一者或多者。 137.根据权利要求132至136中任一项所述的方法，其中所述方法包括在所述第一时间点之后且在所述第二时间点之前将所述细胞系暴露于刺激。 138.根据权利要求137所述的方法，其中所述刺激为诱导信号传导的条件或试剂。 139.根据权利要求137所述的方法，其中所述刺激为诱导疾病相关状态的条件或试剂。 140.根据权利要求139所述的方法，其中所述细胞系为免疫细胞系并且所述疾病相关状态为免疫衰竭。 141.根据权利要求137所述的方法，其中所述刺激为诱导分化的条件或试剂。 142.根据权利要求132至141中任一项所述的方法，其中所述方法进一步包括表征由所述细胞系在一个或多个额外时间点产生的BV的相互作用谱。 143.一种用于鉴定两种细胞系的相互作用谱的差异的方法，所述方法包括： (a)修饰所述细胞系中的每种以包含膜出芽剂； (b)表征由第一细胞系产生的BV的相互作用谱； (c)表征由第二细胞系产生的BV的相互作用谱；以及 (d)将由所述第一细胞系产生的所述BV的所述相互作用谱与由所述第二细胞系产生的所述BV的所述相互作用谱进行比较，其中由所述第一细胞系产生的所述BV的所述相互作用谱与由所述第二细胞系产生的所述BV的所述相互作用谱之间的差异鉴定两种细胞系的表面蛋白谱的差异。 144.一种用于鉴定已被修饰以包含膜出芽剂的两种细胞系的相互作用谱的差异的方法，所述方法包括： (a)表征由第一细胞系产生的BV的相互作用谱； (b)表征由第二细胞系产生的BV的相互作用谱；以及 (c)将由所述第一细胞系产生的所述BV的所述相互作用谱与由所述第二细胞系产生的所述BV的所述相互作用谱进行比较，其中由所述第一细胞系产生的所述BV的所述相互作用谱与由所述第二细胞系产生的所述BV的所述相互作用谱之间的差异鉴定两种细胞系的表面蛋白谱的差异。 145.根据权利要求130至144中任一项所述的方法，其中所述膜出芽剂的表达为可诱导的。 146.根据权利要求130至145中任一项所述的方法，其中表征所述BV的所述相互作用谱包括确定所述BV上的一种或多种目的膜相关蛋白的水平。 147.根据权利要求130至146中任一项所述的方法，其中表征所述BV的所述相互作用谱包括确定所述BV上的一种或多种目的受体的水平。 148.根据权利要求130至147中任一项所述的方法，其中表征所述BV的所述相互作用谱使用包括以下的方法进行： (a)提供固定在一个或多个固体表面上的靶多肽的集合； (b)使步骤(a)中的所述靶多肽的集合与所述BV接触；以及 (c)检测所述BV与所述靶多肽的集合中的至少一种靶多肽之间的相互作用，从而鉴定相互作用谱。 149.根据权利要求148所述的方法，其中所述靶多肽的集合包括表4中的至少25％的蛋白质的细胞外结构域。 150.根据权利要求149所述的方法，其中所述靶多肽的集合包括表4中的至少50％的蛋白质的细胞外结构域。 151.根据权利要求150所述的方法，其中所述靶多肽的集合包括表4中的至少75％的蛋白质的细胞外结构域。 152.根据权利要求151所述的方法，其中所述靶多肽的集合包括表4中的至少90％的蛋白质的细胞外结构域。 153.根据权利要求152所述的方法，其中所述靶多肽的集合包括表4中的全部蛋白质的细胞外结构域。 154.根据权利要求130至153中任一项所述的方法，其中所述方法进一步包括表征所述BV的细胞质蛋白谱。 155.根据权利要求130至154中任一项所述的方法，其中所述膜出芽剂选自由HIV gag蛋白、Acyl.Hrs、ARRDC1和ARF6组成的组。 156.一种BV，其包含异源膜出芽剂，其中所述BV通过包括以下的过程产生：(i)提供已被修饰以在可诱导控制下表达所述膜出芽剂的亲代细胞系；(ii)诱导所述膜出芽剂的表达，以及(iii)从所述亲代细胞系中分离所述BV。 157.根据权利要求156所述的BV，其中所述膜出芽剂选自由HIV gag蛋白、Acyl.Hrs、ARRDC1和ARF6组成的组。 158.根据权利要求156或157所述的BV，其中所述亲代细胞系为哺乳动物细胞系。 159.根据权利要求158所述的BV，其中所述BV为细胞外囊泡(EV)。 160.一种用于评定膜相关蛋白的酶活性的方法，所述方法包括对包含所述蛋白质的BV执行用于酶活性的测定。 161.根据权利要求160所述的方法，其中所述膜相关蛋白为肽酶并且所述用于酶活性的测定为用于肽酶活性的测定。 162.根据权利要求160所述的方法，其中所述膜相关蛋白为蛋白酶并且所述用于酶活性的测定为用于蛋白酶活性的测定。 163.根据权利要求160所述的方法，其中所述膜相关蛋白为激酶并且所述用于酶活性的测定为用于激酶活性的测定。 164.根据权利要求160所述的方法，其中所述膜相关蛋白为磷酸酶并且所述用于酶活性的测定为用于磷酸酶活性的测定。 165.根据权利要求160至164中任一项所述的方法，其中所述膜相关蛋白对于所述BV所源自的亲代细胞为内源性的。 166.根据权利要求160至164中任一项所述的方法，其中所述膜相关蛋白对于所述BV所源自的亲代细胞为异源性的。 167.根据权利要求166所述的方法，其中所述异源膜相关蛋白为全长蛋白质。 168.根据权利要求166所述的方法，其中所述异源膜相关蛋白包含蛋白质片段、标签和锚。 169.根据权利要求168所述的方法，其中所述锚将所述蛋白质片段拴系于所述BV的膜的表面。 170.根据权利要求168或169所述的方法，其中所述锚为糖基磷脂酰-肌醇(GPI)多肽。 171.一种从培养基或来自受试者的样品中纯化BV的方法，所述方法包括使BV与包含表8或表9的蛋白质中的一种或多种的固体表面接触。 172.根据权利要求171所述的方法，其中来自所述受试者的所述样品为尿液样品、血液样品或消化的组织样品。 173.根据权利要求171或172所述的方法，其中所述固体表面为包含蛋白A功能化珠的柱并且所述方法包括使包含表8或表9的蛋白质中的一种或多种的条件培养基流经所述柱，其中表8或表9的所述一种或多种蛋白质已被修饰以包含Fc区。 174.根据权利要求173所述的方法，其中所述方法进一步包括使包含所述BV的培养基流经所述柱。 175.根据权利要求174所述的方法，其中所述方法进一步包括洗脱所述BV。
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