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原文传递凝胶电泳耦合液相色谱-质谱联用的DNA修饰检测方法

专利名称：	凝胶电泳耦合液相色谱-质谱联用的DNA修饰检测方法
摘要：	本发明提供了一种凝胶电泳耦合液相色谱‑质谱联用(LC‑MS/MS)的DNA修饰检测方法，包括以下步骤：通过凝胶电泳法分离待测DNA样品，得到含目标DNA的凝胶条，其中，所述凝胶电泳法中使用的电泳缓冲液不含EDTA；通过凝胶内DNA酶解法将所述凝胶条中的所述目标DNA酶解为单个脱氧核苷/脱氧核苷酸，得到酶解产物；对所述酶解产物进行液相色谱‑质谱联用检测，得到DNA化学修饰(包括表观遗传修饰和DNA损伤加合物)结果。通过本发明的检测方法可精确定量凝胶分离的不同DNA组分中的化学修饰信息。
专利类型：	发明专利
国家地区组织代码：	北京;11
申请人：	中国科学院生态环境研究中心
发明人：	汪海林;郑婧
专利状态：	有效
申请日期：	2023-08-25T00:00:00+0800
发布日期：	2023-11-17T00:00:00+0800
申请号：	CN202311081271.X
公开号：	CN117074590A
代理机构：	中科专利商标代理有限责任公司
代理人：	吴梦圆
分类号：	G01N30/06;G01N30/02;G01N30/72;G01N30/86;G;G01;G01N;G01N30;G01N30/06;G01N30/02;G01N30/72;G01N30/86
申请人地址：	100085 北京市海淀区北京海淀区双清路18号
主权项：	1.一种凝胶电泳耦合液相色谱-质谱联用的DNA修饰检测方法，包括以下步骤：通过凝胶电泳法分离待测DNA样品，得到含目标DNA的凝胶条，其中，所述凝胶电泳法中使用的电泳缓冲液不含EDTA；通过凝胶内DNA酶解法将所述凝胶条中的所述目标DNA酶解为单个脱氧核苷和/或单个脱氧核苷酸，得到酶解产物；对所述酶解产物进行液相色谱-质谱联用检测，得到DNA化学修饰结果。 2.根据权利要求1所述的检测方法，其中，所述凝胶电泳法以琼脂糖为介质，所述电泳缓冲液为任何不含EDTA的可用于电泳的缓冲溶液。 3.根据权利要求1所述的检测方法，其中，所述凝胶内DNA酶解法使用的酶解液包括pH为7.0-9.0的缓冲溶液和核酸酶。 4.根据权利要求3所述的检测方法，其中，所述核酸酶包括内切核酸酶和外切核酸酶。 5.根据权利要求4所述的检测方法，其中，所述内切核酸酶为Benzonase核酸酶、脱氧核糖核酸酶I或核酸酶S1；所述外切核酸酶为蛇毒磷酸二酯酶或核酸外切酶V。 6.根据权利要求3至5中任一项所述的检测方法，其中，所述酶解液中还加入有碱性磷酸酶。 7.根据权利要求6所述的检测方法，其中，所述酶解液还包括1～5mM的MgCl2。 8.根据权利要求7所述的检测方法，其中，通过凝胶内DNA酶解法将所述凝胶条中的所述目标DNA酶解为单个脱氧核苷和/或单个脱氧核苷酸，得到酶解产物包括：将所述凝胶条浸入含有Tris-盐酸、所述核酸酶和MgCl2的酶解液中，进行温育8～24小时，得到第一消化液；向所述第一消化液中或加入所述碱性磷酸酶，进行温育0.5～1小时，得到所述酶解产物。 9.根据权利要求1所述的检测方法，其中，在对所述酶解产物进行液相色谱-质谱联用检测之前，所述检测方法还包括：对所述酶解产物进行超滤，以去除所述酶解产物中的蛋白酶。 10.根据权利要求1所述的检测方法，其中，所述DNA化学修饰结果包括5-甲基胞嘧啶、N6-甲基腺嘌呤、5-羟甲基胞嘧啶、5-醛基胞嘧啶、5-羧基胞嘧啶、5-醛基尿嘧啶、3-甲基胞嘧啶、N1-甲基腺嘌呤和8-羟基-2-脱氧鸟苷中的至少一种的丰度信息。
所属类别：	发明专利