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原文传递生物标志物组合及其在预测免疫治疗联合化疗治疗食管癌效果中的应用

专利名称：	生物标志物组合及其在预测免疫治疗联合化疗治疗食管癌效果中的应用
摘要：	本发明公开了一种生物标志物组合及其在预测免疫治疗联合化疗治疗食管癌效果中的应用。所述生物标志物组合可以预测食管癌患者接受免疫治疗联合化疗治疗的食管癌效果，具有高灵敏度和高特异性的优点，为预测食管癌患者接受免疫治疗联合化疗治疗治疗提供有利的技术支持。
专利类型：	发明专利
国家地区组织代码：	上海;31
申请人：	上海爱谱蒂康生物科技有限公司
发明人：	李明珠
专利状态：	有效
申请日期：	2023-09-20T00:00:00+0800
发布日期：	2023-11-17T00:00:00+0800
申请号：	CN202311224930.0
公开号：	CN117074679A
代理机构：	上海弼升知识产权代理有限公司
代理人：	袁文正;黄益澍
分类号：	G01N33/574;C12Q1/6886;G06F18/27;G06F18/214;G06N20/00;G;C;G01;C12;G06;G01N;C12Q;G06F;G06N;G01N33;C12Q1;G06F18;G06N20;G01N33/574;C12Q1/6886;G06F18/27;G06F18/214;G06N20/00
申请人地址：	201203 上海市浦东新区自由贸易试验区蔡伦路781号708、709室
主权项：	1.一种生物标志物组合，其特征在于，所述生物标志物组合包括以下一种或多种蛋白质：SPTB、FGG、FGB、ZC3H7B、LSR、WIPF2、RNF214和NDUFB7。 2.如权利要求1所述的生物标志物组合，其特征在于，所述生物标志物组合还包括ADD2；优选地，所述生物标志物组合进一步还包括ARF1。 3.如权利要求1或2所述的生物标志物组合，其特征在于，所述生物标志物组合还包括以下一个或多个生物标志物：ARF1、KRTAP3-3、BOLA1、TMEM50B、TSEN54、FNTB、NWD1、MBIP、MAPKBP1、MMACHC、PIGN、RAPGEF2、FANCD2、INSR、ILDR1、CUTC、BAG4、PTGR2、HPR、CACTIN、MGAT5、OCA2、PGK2、BSDC1、NLRP10、TACO1、KATNA1、NHSL2、MCC、LAMC3、ACTG2、AKR1C2、REEP3、FETUB、CEP290、ZC3H7B、KRT85、FHL2、ADD2、FADS2、FGFR1OP、HBG1、GP5、FGG、CHI3L1、GALNS、NEFM、EMC10、FGB、FGA、GP1BA、ANK1、SPTB、CCNK、F2、MAP4K4、SPTA1、SLC4A1、PLEK、CALML5、PSME1、NDUFS4、RAP1A、FAM129A、PPP1R9B、CLASP2、GIMAP4、LMF2、EML2、ELL、PRPF38A、DFFA、ASAH1、ERAP1、CYFIP2、PPP1R21、TMED10、CEPT1、LSP1、CIRBP、STAT1、GNG12、POLR1C、FYB、ANP32E、SUGT1、APOA2、HIST1H1D、CD97、MOV10、GBP2、GGT5、SCFD1、SUMF1、SUCLG1、FBP1、SLC25A22、SLC1A5、LTA4H、PAK1、HIST1H1C、EXOC7、SKP1、DNAJC7、EIF3M、NANS、FKBP11、ATP1B3、C1orf52、PTPRC、ELP3、RPS26、STX4、TMX2、SMC6、PIK3C2A、TMED1、LYN、NDUFB7、CD74、WDFY1、HLA-DPB1、ATP6V1G1、COASY、TMED5、SPCS2、TAP2、PPOX、EPB41L1、MUC1、SPTLC1、SLC7A1、HLA-DRA、CRAT、AP1M1、HLA-E、HLA-B、MTMR6、CTBP1、LYNX1、CD14、TBC1D10C、CDK9、SGPL1、ABCD1、PSME2、C5orf51、IKBKG、TBC1D4、COTL1、AMFR、TRIM22、FMNL1、RGS19、CSTA、HECTD1、CECR1、DPYD、ITGAX、NR3C1、WDR45B、NIPSNAP3A、LZTFL1、SLFN11、EPB41L3、LRCH1、SHKBP1、NGLY1、ACSL4、WIPF2、LGALS9、ARRB1、TAPBP、CDC16、KPNA7、C16orf80、CPSF3L、FUCA1、CASP1、CUL3、ZBP1、SPCS3、OSTC、SORT1、NFYC、USMG5、EMILIN2、CROCC、CDKN2AIPNL、RNF214、LSR、ITM2B、UBA7、ACE、C8orf33、ATG9A、AKAP8L、HTT、CCDC9、ASB15、MPHOSPH8、CROT、ITGB7、DNLZ、SEMA4B、VPS13C、PANK4、BPIFB1、ALPL、MAP3K4、BACH1、ATP13A1、ARMC5、SLC35B2、INTS2、LSM5、CASP10、NCF4、DCAF11、FLG2、CD8A、CC2D1B、COX15、SEL1L、KLK13、GIMAP8、NHEJ1、CLCC1、EXOSC9、VAV1、SORL1、MAN1A1、PRKAG1、RASAL3、DNAJC17、ANGPTL2、CHCHD4、GBP5、FCGR1A、SYNJ2、SASH3、HMCN1、TMEM161A、APOL3、ZBTB7A、MOB2、TFAM、WAC、NUDT18、SCLY、LCN1、NCS1、MICU2、APOL2、CXorf38、STK17B、CD99L2、ACADS、FNBP1L、ATG16L1、NAV2、CRYBG3、NFATC2、C3orf17、LARS2、CLK2、C12orf44、SLC30A5、GPCPD1、PTPMT1、TRAPPC2L、PPP1R13B、DAPP1、CEP350、LILRB5、CHL1、RECQL5、FAM46C、SLC27A2、RENBP、C10orf137、PUS3、ARAP3、CEP128、ZEB2、VAMP5、ZBTB21、CEP44、MAD2L1BP、STAT4、MYO19、GAS7、C5orf22、LMBRD2、PDCL、THEMIS、ARGLU1和PADI3。 4.一种生物标志物组合在预测免疫治疗联合化疗治疗食管癌效果中的应用，其特征在于，所述生物标志物组合为如权利要求1-3中任一项所述的生物标志物组合；所述免疫治疗联合化疗治疗为艾瑞卡联合紫杉醇+铂类的化疗；优选地，所述铂类为卡铂。 5.一种用于检测如权利要求1-3中任一项所述的生物标志物组合的试剂；其特征在于，优选地，所述试剂用于检测所述生物标志物的表达水平；和/或，所述表达水平为蛋白表达水平和/或mRNA转录水平；更优选地，所述试剂为与所述生物标志物特异性结合，或者与编码所述生物标志物的核酸特异性杂交的生物分子试剂；进一步优选地，所述生物分子试剂选自引物、探针和抗体；进一步更优选地，所述试剂为用于转录组和/或蛋白质组测序的试剂。 6.一种用于检测如权利要求1-3中任一项所述的生物标志物组合的试剂在制备预测免疫治疗联合化疗治疗食管癌效果的制剂中的应用；其特征在于，所述免疫治疗联合化疗治疗为艾瑞卡联合紫杉醇+铂类的化疗；优选地，所述铂类为卡铂。 7.一种试剂盒，所述试剂盒包含如权利要求5所述的试剂和/或如权利要求1-3中任一项所述的生物标志物组合。 8.一种预测免疫治疗联合化疗治疗食管癌效果的方法，其特征在于，所述方法包括检测待测的组织样本中的生物标志物的表达水平；所述生物标志物包括权利要求1-3中任一项所述的生物标志物组合中的一种或多种；所述免疫治疗联合化疗治疗为艾瑞卡联合紫杉醇+铂类的化疗；优选地，所述铂类为卡铂；更优选地，所述表达水平为蛋白表达水平和/或mRNA转录水平；进一步优选地，所述预测免疫治疗联合化疗治疗食管癌效果的方法为非诊断目的的；更进一步优选地，所述组织样本为食管癌组织样本，所述食管癌组织样本的患者经过免疫治疗联合化疗治疗。 9.一种免疫治疗联合化疗治疗食管癌效果预测模型的构建方法，其特征在于，所述方法包括：将蛋白质表达量数据库中的蛋白质表达量数据输入广义线性回归模型进行机器学习，构建得到所述免疫治疗联合化疗治疗食管癌效果预测模型；所述蛋白质表达量数据库中蛋白质表达量数据的来源为食管癌治疗前患者的组织样本；所述蛋白质表达量数据包括如权利要求1-3中任一项所述的生物标志物组合的蛋白质表达量数据；所述患者包括对免疫治疗联合化疗治疗敏感的患者和对免疫治疗联合化疗治疗非敏感的患者；优选地，所述免疫治疗联合化疗治疗为艾瑞卡联合紫杉醇+铂类的化疗；更优选地，所述铂类为卡铂；进一步优选地，所述蛋白质表达量数据通过LC-MS技术得到，使用DDA检测方式采集；和/或，所述DDA检测方式采集的数据经Firmiana软件进行肽段匹配；和/或，输入广义线性回归模型的蛋白质满足：敏感患者的组织样本中表达量/非敏感患者的组织样本中表达量＞1.5或者敏感患者的组织样本中表达量/非敏感患者的组织样本中表达量<0.67，且Wilcoxon rank-sum test检验的p值小于0.05；和/或，所述广义线性回归模型的参数为：采用向后回归的方法筛选标志物，并利用R包Caret的train功能进行模型训练和predict函数进行预测。 10.一种免疫治疗联合化疗治疗食管癌效果预测模型，其特征在于，所述免疫治疗联合化疗治疗食管癌效果预测模型由权利要求9所述的构建方法建构得到；优选地，所述构建免疫治疗联合化疗治疗食管癌效果预测模型的方法中输入广义线性回归模型的蛋白质表达量数据包括如权利要求1-3中任一项所述的生物标志物组合的蛋白质表达量数据。 11.一种样本是否适用免疫治疗联合化疗治疗食管癌的预测方法，其特征在于，所述预测方法包括将待测的样本的蛋白质表达量数据输入如权利要求10所述的免疫治疗联合化疗治疗食管癌效果预测模型，得到样本是否适用免疫治疗联合化疗治疗食管癌的结果；所述蛋白质表达量数据包括如权利要求1-3中任一项所述的生物标志物组合的蛋白质表达量数据；优选地，所述预测方法为非诊断目的的；更优选地，所述免疫治疗联合化疗治疗为艾瑞卡联合紫杉醇+铂类的化疗；进一步优选地，所述铂类为卡铂。 12.一种用于预测免疫治疗联合化疗治疗食管癌效果的系统，其特征在于，所述系统包括：数据接收模块，用于接收或输入组织样本中的蛋白质表达量数据，所述蛋白质表达量数据包括如权利要求1-3中任一项所述的生物标志物组合的蛋白质表达量数据；判断并输出模块，用于在所述接收或输入完成后，通过如权利要求10所述的免疫治疗联合化疗治疗食管癌效果预测模型，输出对所述组织样本的个体是否适用免疫治疗联合化疗治疗食管癌的判断结果；所述是否适用免疫治疗联合化疗治疗食管癌的判断标准为：当所述蛋白质表达量数据满足敏感预测概率大于或等于0.5时，输出预测结果为“免疫治疗联合化疗治疗对食管癌具有治疗效果”；当所述蛋白质表达量数据满足敏感预测概率小于0.5时，输出预测结果为“免疫治疗联合化疗治疗对食管癌不具有治疗效果”；优选地，所述组织样本为食管癌组织样本，所述食管癌组织样本的患者经过免疫治疗联合化疗治疗；更优选地，所述免疫治疗联合化疗治疗为艾瑞卡联合紫杉醇+铂类的化疗；进一步优选地，所述铂类为卡铂；更进一步优选地，所述系统还包括数据处理模块，用于采集组织样本中的蛋白质表达量数据。 13.一种计算机辅助的免疫治疗联合化疗治疗食管癌效果的预测方法，其特征在于，所述免疫治疗联合化疗治疗食管癌效果的预测方法包括以下步骤：步骤1：接收或输入组织样本中的蛋白质表达量数据，所述蛋白质表达量数据包括如权利要求1-3中任一项所述的生物标志物组合的蛋白质表达量数据；步骤2：将步骤1接收或输入的蛋白质表达量数据输入如权利要求10所述的免疫治疗联合化疗治疗食管癌效果预测模型，输出对所述组织样本的个体是否适用免疫治疗联合化疗治疗食管癌的判断结果；所述是否适用免疫治疗联合化疗治疗食管癌的判断标准为：当所述蛋白质表达量数据满足敏感预测概率大于或等于0.5时，输出预测结果为“免疫治疗联合化疗治疗对食管癌具有治疗效果”；当所述蛋白质表达量数据满足敏感预测概率小于0.5时，输出预测结果为“免疫治疗联合化疗治疗对食管癌不具有治疗效果”；优选地所述免疫治疗联合化疗治疗为艾瑞卡联合紫杉醇+铂类的化疗；更优选地，所述铂类为卡铂；进一步优选地，所述免疫治疗联合化疗治疗食管癌效果预测方法还包括步骤0：采集组织样本中的蛋白质表达量数据。 14.一种计算机可读存储介质，其特征在于，其存储有计算机程序，所述计算机程序被处理器执行时，可实现如权利要求12所述的系统的功能，或实现如权利要求13所述的预测方法的步骤。 15.一种电子设备，其特征在于，其包括存储器和处理器，所述存储器存储有计算机程序，所述处理器用于执行所述计算机程序以实现如权利要求12所述的系统的功能，或如权利要求13所述的预测方法的步骤。
所属类别：	发明专利