详情

原文传递用于样本保存的系统和方法

专利名称：	用于样本保存的系统和方法
摘要：	公开了一种方法，所述方法准许在样本浸入试剂中并且试剂扩散到组织样本中时计算组织样本内随时间和空间的试剂浓度。在该方法中，通过将实验飞行时间值与模型飞行时间值进行比较来获得样本的扩散率常量和样本的孔隙度。所公开的方法已经产生如下结果：一旦在冷+热固定协议的冷步骤期间组织样本内的所有点处的甲醛浓度超过约90mM，就可以开始固定协议的热步骤以提供对分子靶的可靠检测和在下游分析中的组织形态的保存。
专利类型：	发明专利
国家地区组织代码：	美国;US
申请人：	文塔纳医疗系统公司
发明人：	D.查芬;M.奥特;D.鲍尔
专利状态：	有效
申请日期：	2017-12-21T00:00:00+0800
发布日期：	2019-07-30T00:00:00+0800
申请号：	CN201780079517.6
公开号：	CN110073194A
代理机构：	中国专利代理(香港)有限公司
代理人：	黄涛;申屠伟进
分类号：	G01N1/31(2006.01);G;G01;G01N;G01N1
申请人地址：	美国亚利桑那州
主权项：	1.一种用于确定试剂浓度的方法，包括：将样本浸入在试剂中；获得针对浸入在试剂中的样本的实验飞行时间对时间；提供多个候选扩散率常量；模拟向样本中的扩散的空间相关性以生成在多个时间点上的模型飞行时间对时间，其中针对每个候选扩散率常量实施所述模拟；将模型飞行时间对时间与实验飞行时间对时间进行比较以获得误差函数，其中误差函数的最小值产生针对样本的扩散率常量；提供多个候选组织孔隙度；模拟向样本中的扩散的空间相关性，以生成在多个时间点上的模型飞行时间对时间，其中针对每个候选孔隙度实施所述模拟；将模型飞行时间与实验飞行时间进行比较以获得第二误差函数，其中误差函数的最小值产生样本的孔隙度；以及使用针对样本的扩散率常量和样本的孔隙度计算在特定时间在样本内一个或多个特定空间点处的试剂浓度。 2.根据权利要求1所述的方法，其中，模拟向样本中的扩散的空间相关性以生成在多个时间点上的模型飞行时间对时间利用针对样本的扩散率常量。 3.根据权利要求1或2中任一项所述的方法，其中计算在特定时间在样本内一个或多个特定空间点处的试剂浓度包括：根据扩散率常量和时间计算在所述特定时间在所述一个或多个特定空间点处的百分比扩散，以及在以下方程中使用百分比扩散来产生所述浓度。 4.根据权利要求1至3中任一项所述的方法，其中所述试剂选自由以下各项组成的分组：甲醛、乙醇、二甲苯和石蜡。 5.根据权利要求4所述的方法，其中石蜡的分子量选自由以下各项组成的分组：数目平均分子量（Mn）、重量平均分子量（Mw）、粘度平均分子量（Mv）和它们的组合。 6.根据权利要求1所述的方法，其中所述试剂包括甲醛溶液，并且其中一旦在所述样本中心处的点处甲醛溶液的浓度至少高于90mM，就从所述试剂中移除所述样本。 7.根据权利要求6所述的方法，其中将样本浸入在所述试剂中作为冷步骤被执行，并且一旦在所述样本中心处的所述点处所述浓度至少高于90mM，所述试剂的温度就在热步骤中被提升。 8.一种用于固定组织样本的方法，包括：将组织样本浸入在冷的福尔马林溶液中，直到确定组织样本中心处的点具有至少90mM的甲醛浓度，以及一旦确定所述组织样本中心处的所述点处的甲醛浓度高于90mM达足够形成交联的时间，就使组织样本与热的福尔马林溶液接触，从而固定所述组织样本。 9.根据权利要求8所述的方法，其中继续所述浸入步骤，直到确定在所述组织样本中心处的所述点处的甲醛浓度具有至少100mM的甲醛浓度。 10.根据权利要求8至9中任一项所述的方法，其中所述冷的福尔马林溶液的温度低于约20℃，并且所述热的福尔马林溶液的温度在大约20℃和大约55℃之间。 11.根据权利要求8至10中任一项所述的方法，其中使组织样本与热的福尔马林溶液接触包括：提升所述冷的福尔马林溶液的温度，同时所述冷的福尔马林溶液保持与所述组织样本接触，直至它变为热的福尔马林溶液。 12.根据权利要求8-11中任一项所述的方法，其中通过选自TOF、放射性标记追踪、mid-IR分光术和磁共振的方法确定甲醛浓度。 13.一种系统，包括：声学监视设备，其检测已经行进通过组织样本的声波；处理器，通信地耦合到声学监视设备，其中所述处理器被配置为基于飞行时间评估声波的速度；存储器，其通信地耦合到处理器，所述存储器具有存储在其上的指令，所述指令在被执行时使处理器执行包括以下各项的操作：为组织样本设置候选扩散率常量的范围；针对多个时间点并且针对一系列候选扩散率点中的第一个来模拟组织样本内的试剂的空间相关性；基于所述空间相关性来确定建模的飞行时间；针对所述多个扩散率常量中的每一个重复空间相关性模拟；确定针对所述多个扩散率常量的建模的飞行时间与针对组织样本的实验飞行时间之间的误差，其中基于所述误差的误差函数的最小值产生针对组织样本的扩散率常量；设置针对组织样本的、包括多个候选孔隙度的候选孔隙度范围；基于样本的扩散率常量以及所述多个候选孔隙度中的第一个来确定第二建模的飞行时间；以及确定实验飞行时间与第二建模的飞行时间之间的第二误差；重复确定针对所述多个候选孔隙度中其它孔隙度的第二建模的飞行时间以及对应的第二误差，其中误差的最小值标识样本的孔隙度；以及根据所标识的扩散率常量和所标识的样本的孔隙度来计算在特定时间在样本内试剂浓度的空间相关性。 14.根据权利要求13所述的系统，其中所述存储器还包括指令，所述指令在被执行时输出在特定时间处在所述样本中心处的试剂浓度。 15.根据权利要求14所述的系统，其中所述存储器还包括指令，所述指令在被执行时使得当在组织中心处的试剂浓度超过预定浓度阈值的时候终止利用试剂对样本的注入。 16.根据权利要求15所述的系统，其中所述试剂包括甲醛，并且所述预定浓度阈值为至少90mM。 17.根据权利要求15至16中任一项所述的系统，其中所述系统还包括警报器，并且所述存储器还包括指令，所述指令在由所述处理器执行时使得一旦在组织中心处的试剂浓度超过预定阈值所述警报器就发出声音。 18.根据权利要求15或16所述的系统，其中所述系统还包括用于从所述试剂中移除所述样本的机构，并且所述存储器还包括指令，所述指令当在组织中心处的试剂浓度超过预定阈值的时候使所述机构从所述试剂中移除所述样本。 19.根据权利要求15所述的系统，其中所述试剂包括温度低于大约20℃的冷的甲醛溶液，并且所述注入的终止包括将所述甲醛溶液的温度提升至处于大约20℃至大约55℃之间的温度，以提供热的甲醛溶液，其中所述系统还包括加热器，用于将冷的甲醛溶液加热至热的甲醛溶液，并且其中存储器还包括指令，所述指令使加热器当组织中心处的甲醛浓度超过大约90mM时加热冷的甲醛溶液以形成热的甲醛溶液。 20.一种有形非暂时性计算机可读介质，具有存储在其上的指令，所述指令使处理器执行包括权利要求1的步骤的操作。
所属类别：	发明专利