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原文传递用于分析肿瘤组织的SRM/MRM测定

专利名称：	用于分析肿瘤组织的SRM/MRM测定
摘要：	本文提供了使用SRM/MRM测定来检测和定量参与由福尔马林固定肿瘤组织的生物样品制备的蛋白质消化物中的所有细胞过程的蛋白质的方法，所述细胞过程包括细胞分裂、细胞分化、细胞生长抑制、细胞代谢、细胞信号传导和肿瘤免疫应答/调节。所述SRM/MRM测定可以不管细胞的表达起源而提供整个组织微环境的肿瘤组织特征谱，其可以提供最佳的癌症疗法治疗。
专利类型：	发明专利
国家地区组织代码：	美国;US
申请人：	南托米克斯有限责任公司
发明人：	托德·亨布罗;法比奥拉·塞奇;萨利特·施瓦兹;凯里·斯科特
专利状态：	有效
申请日期：	2019-03-08T00:00:00+0800
发布日期：	2019-09-17T00:00:00+0800
申请号：	CN201910179179.4
公开号：	CN110244052A
代理机构：	中科专利商标代理有限责任公司
代理人：	张国梁;张莹
分类号：	G01N33/68(2006.01);G;G01;G01N;G01N33
申请人地址：	美国加利福尼亚州
主权项：	1.由癌症患者获得的福尔马林固定肿瘤组织的生物样品中蛋白质表达特征谱的生成方法，所述方法包括：使用质谱法检测和定量由福尔马林固定肿瘤组织的生物样品制备的蛋白质消化物中的一种或更多种片段肽的水平；和计算福尔马林固定肿瘤组织的生物样品中相应一种蛋白质或多种蛋白质的水平；其中所述一种或更多种相应蛋白质选自由ABCG2、AIMP3、ALDH1B1、α-连环蛋白、ARG2、ARID1A、ARID2、ATM、ATR、Bax、BCL2、Brachyury、BRCA1、BRE、CAD、Cav-1、CD8b、CD16、CD20、CD99、CD226、CDK4、CDK6、CDK10、CDX2、CHFR、CHK1、c-JUN、CLK4、COX41、COX5B、COX6C、DCTD、DDR1、DGKA、Diablo、DICER1、DUSP1、EIF3A、EMSY、EPCAM、ERCC2、FOXA1、FOXC1、FOXC2、FOXF2、γ-连环蛋白、GDA、GJA1、GLS、GLUT1、GSTM1、GSTM3、GSTP1、GSTT1、HAI2、hCNT3、HDAC6、HK2、HLA-A、HLA-B、HLA-DMA、HLA-DQA1、HLA-DRA、HPV16E6、HR23B、IDH1、IDH2、IGF2、IGF2BP3、IKZF1、IKZF3、IL13RA2、IL-15、IL-8、IRS2、LAG3、LGR5、LIG4、MCT1、MENA、MENAINV、MFF、MIG6、MLH1、MMP7、MMP9、MRE11、MSH2、MSH6、MUC4、ND1、NEDD8、Nibrin、NKp30、NKp44、NKp80、NNMT、NT5C、NT5C2、NT5C3A、P21、P27、PARP1、PARP16、PARP4、桩蛋白、PDK1、PD-L2、PFKFB3、PI3KCA、PIM1、PIM2、PKM、PMS2、PSMA、PRKDC、QPRT、RAD50、SAMHD1、SIAH2、SIRT1、SLAMF6、SLC34A2、SLC46A1、SMARCA4、SMO、SOD1、SOD2、SOX9、SPRY2、TBX21、TJP1、TMSB15A、TPX2、TRIM24、TRKA、WT-1、XPO1、XRCC4、XRCC5、XRCC6、AMD1、FCER1G、RAD51C、PML、IL12RB2、SPAG5、NRAS、HRAS、MLH3、CEACAM6、LGALS9、RPA2、RPA1、FEN1、LIG3、BLM、B2M、RNPEP、IL12A、IL12B、YES1、NTRK1、NTRK2、NTRK3和RB1组成的组。 2.权利要求1的方法，还包括在检测和定量一种或更多种片段肽的量之前分离蛋白质消化物的步骤。 3.权利要求2的方法，其中所述分离步骤包括液相色谱、纳米反相液相色谱、高效液相色谱或反相高效液相色谱。 4.权利要求1的方法，其中所述蛋白质消化物包含蛋白酶消化物。 5.权利要求4的方法，其中所述蛋白质消化物包含胰蛋白酶消化物。 6.权利要求1的方法，其中所述质谱包括串联质谱、离子阱质谱、三重四极杆质谱、混合离子阱/四极杆质谱、MALDI-TOF质谱、MALDI质谱和/或飞行时间质谱。 7.权利要求6的方法，其中使用的质谱模式是选择反应监测(SRM)、多重反应监测(MRM)、智能选择反应监测(iSRM)、并行反应监测(PRM)和/或多重选择反应监测(MSRM)。 8.权利要求1的方法，其中所述一种或更多种片段肽选自由对应于SEQ ID NO：1-291的肽组成的组。 9.权利要求1的方法，其中所述福尔马林固定肿瘤组织是石蜡包埋组织。 10.权利要求9的方法，其中所述组织获自肿瘤。 11.权利要求10的方法，其中所述肿瘤是原发性肿瘤。 12.权利要求10的方法，其中所述肿瘤是继发性肿瘤。 13.权利要求1的方法，其中定量一种或更多种片段肽包括将所述生物样品中一种或更多种片段肽的量与其他独立生物样品中相同的一种或更多种片段肽的量进行比较。 14.权利要求1的方法，其中定量一种或更多种片段肽包括通过与已知量的具有与所述一种或更多种片段肽相同氨基酸序列的添加内标肽进行比较来确定所述生物样品中所述一种或更多种片段肽的量。 15.权利要求14的方法，其中所述内标肽是同位素标记的肽。 16.权利要求15的方法，其中所述同位素标记的内标肽包含选自由18O、17O、34S、15N、13C、2H及其组合组成的组的一种或更多种重稳定同位素。 17.权利要求1的方法，其中检测和定量蛋白质消化物中一种或更多种片段肽的量指示存在相应的蛋白质以及与受试者体内癌症的关联。 18.权利要求17的方法，还包括将所述检测和定量一种或更多种片段肽量或相应蛋白质水平的结果与癌症患者免疫系统的活化状态相关联。 19.权利要求18的方法，其中所述将检测和定量一种或更多种片段肽量或相应蛋白质水平的结果与癌症患者免疫系统的活化状态相关联与检测和定量其他蛋白质或来自其他蛋白质的肽的表达量相结合，以提供关于癌症患者肿瘤细胞的分子状态的额外信息。 20.权利要求1的方法，还包括向所述生物样品获自其的患者或受试者施用治疗有效量的癌症治疗剂，其中所述癌症治疗剂和/或癌症治疗剂的施用量基于选自SEQ ID NO：1-291的一种或更多种片段肽的检测和/或量，和其中所述癌症治疗剂是与一种或更多种蛋白质相互作用的靶向剂，所述蛋白质对应于所述选自SEQ ID NO：1-291的一种或更多种片段肽。 21.权利要求20的方法，其中所述癌症治疗剂和/或癌症治疗剂的施用量基于选自SEQID NO：1-291的两种或更多种片段肽的多重检测和/或量。 22.权利要求1的方法，还包括向所述生物样品获自其的患者或受试者施用治疗有效量的癌症治疗剂，其中所述癌症治疗剂和/或癌症治疗剂的施用量基于选自SEQ ID NO：1-291的一种或更多种片段肽的检测和/或量，和其中所述癌症治疗剂是免疫调节癌症治疗剂，其功能是启动、增强、操纵和/或以其他方式调节癌症患者免疫应答以攻击和杀死所述患者肿瘤细胞。 23.权利要求22的方法，其中所述癌症治疗剂和/或癌症治疗剂的施用量基于选自SEQID NO：1-291的两种或更多种片段肽的多重检测和/或量。 24.权利要求1的方法，还包括将对应于SEQ ID NO：1-291的两种或更多种片段肽的多重检测和定量与驱使所述患者肿瘤细胞生长的其他癌蛋白的分析相结合，其中抑制或调节癌蛋白功能以抑制患者肿瘤细胞生长的靶向癌症治疗剂与免疫调节癌症治疗剂联合施用于患者，所述免疫调节癌症治疗剂与一种或更多种蛋白质相互作用以启动、增强、操纵和/或以其他方式调节癌症患者免疫应答以攻击和杀死患者肿瘤细胞。
所属类别：	发明专利