详情

原文传递用于通过使用集成电泳DNA纯化来检测遗传结构变异的系统和方法

专利名称：	用于通过使用集成电泳DNA纯化来检测遗传结构变异的系统和方法
摘要：	一种电泳盒，其可以包括样品孔、含有分离凝胶的凝胶柱和与凝胶柱相邻布置的洗脱模块。样品可以被提供给电泳盒，并且可以从样品中分离高分子量DNA。可以在DNA序列的重复区域的两侧上切割单拷贝DNA序列，以产生切割的样品，然后可以使用凝胶电泳对其进行分级。可以从分离凝胶的连续切片中分离DNA级分，并且经受PCR测定，以检测DNA级分内的单拷贝序列，所述单拷贝序列含有重复扩增序列。可以将所述DNA级分电洗脱到多个洗脱模块内。可以确定具有重复扩增序列的DNA级分的大小。还确定该大小是否在正常重复大小范围以上。
专利类型：	发明专利
国家地区组织代码：	美国;US
申请人：	塞奇科学股份有限公司
发明人：	T·C·伯勒斯
专利状态：	有效
申请日期：	2018-04-06T00:00:00+0800
发布日期：	2019-11-26T00:00:00+0800
申请号：	CN201880021339.6
公开号：	CN110506203A
代理机构：	中国国际贸易促进委员会专利商标事务所
代理人：	傅宇昌
分类号：	G01N27/26(2006.01);G;G01;G01N;G01N27
申请人地址：	美国马萨诸塞
主权项：	1.一种方法，其包括：提供包括以下的电泳盒：至少一个样品孔，含有分离凝胶的至少一个凝胶柱，和与所述至少一个凝胶柱相邻布置的多个洗脱模块；向所述电泳盒提供样品；从所述样品中分离高分子量DNA；在所述DNA序列的重复区域的两侧上切割单拷贝DNA序列，以产生切割的样品；使用凝胶电泳分级所述切割的样品；从所述分离凝胶的连续切片中分离DNA级分；使所述DNA级分经受PCR测定，以检测所述DNA级分内的单拷贝序列，所述单拷贝序列含有重复扩增序列；将所述DNA级分电洗脱到所述多个洗脱模块内；确定具有所述重复扩增序列的DNA级分的大小；以及确定具有所述重复扩增序列的DNA级分的大小是否在正常重复大小范围以上。 2.根据权利要求1所述的方法，其中所述切割通过限制性酶执行。 3.根据权利要求2所述的方法，其中所述限制性酶配置成不在含有重复的DNA片段内切割。 4.根据权利要求1所述的方法，其中所述切割用可定制的RNA或DNA指导的切割酶执行。 5.根据权利要求4所述的方法，其中所述RNA或DNA指导的切割酶是以下中的一种或多种：Cas9、Cpf1和NgAgo。 6.根据权利要求1所述的方法，其还包括：在所述多个洗脱模块中提供液体电泳缓冲液，使得电洗脱到所述多个洗脱模块内的所述DNA级分设置在所述电泳缓冲液中；将具有所述DNA级分的电泳缓冲液加入PCR反应中；以及在所述重复扩增序列内测定所述PCR反应的DNA级分的单拷贝序列靶。 7.根据权利要求1所述的方法，其中改变所述电泳的条件改变了所述DNA级分的移动性。 8.根据权利要求7所述的方法，其中所述电泳条件包括以下中的一种或多种：凝胶浓度、电压、电压波形、缓冲液组成和运行时间。 9.根据权利要求7所述的方法，其中所述电泳条件改变成使得在预定长度上的DNA片段减慢从远离电泳移动到至少一个凝胶柱内。 10.一种系统，其包括：用于从样品中分离高分子量DNA的电泳盒，所述电泳盒包括：至少一个样品孔，含有分离凝胶的至少一个凝胶柱，和与所述至少一个凝胶柱相邻布置的多个洗脱模块；切割试剂，以切割在所述DNA重复区域的两侧上的单拷贝DNA序列，从而产生切割的样品；和配置成检测所述DNA级分内的单拷贝序列的PCR测定。
所属类别：	发明专利