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原文传递一种自动解析稳定同位素标记糖链定量质谱数据的方法

专利名称：	一种自动解析稳定同位素标记糖链定量质谱数据的方法
摘要：	本发明属蛋白质分析技术领域，具体为一种自动解析稳定同位素标记糖链定量质谱数据的方法。本发明利用工具gQuant对MALDI‑MS产出的同位素标记的糖链质量校正从而进行准确相对定量；该工具充分考虑了同位素标记相对定量数据的特点，对同位素交叠进行了准确的校正，并且特别地利用糖链的理论同位素分布模式和质谱碎裂特性设了基于最高理论同位素强度峰定量的算法，对高分子量和低丰度的糖链组分具有更高的定量准确性和鲁棒性。
专利类型：	发明专利
国家地区组织代码：	上海;31
申请人：	复旦大学
发明人：	黄江铭;蒋碧云;曹纬倩;杨芃原
专利状态：	有效
申请日期：	2018-12-31T00:00:00+0800
发布日期：	2019-05-10T00:00:00+0800
申请号：	CN201811650390.1
公开号：	CN109738532A
代理机构：	上海正旦专利代理有限公司
代理人：	陆飞;陆尤
分类号：	G01N30/02(2006.01);G;G01;G01N;G01N30
申请人地址：	200433 上海市杨浦区邯郸路220号
主权项：	1.一种自动解析稳定同位素标记糖链定量质谱数据的方法，其特征在于，基于糖链的理论同位素分布模式和质谱碎裂特性，通过最高理论同位素强度峰定量，对同位素交叠进行准确的校正，具体步骤如下：（1）对公开数据库中的糖链信息，计算出对应的每种糖型对应的元素组成，计算出不同元素天然同位素的二项分布，并进行线性加和，生成理论同位素峰分布；（2）根据步骤（1）的结果，挑选用于定量的同位素峰；（3）对于标记质量差较小的同位素标记定量时，对同位素峰进行准确的校正和交叠部分扣除；（4）通过校正以后的峰强度的比，输出定量结果。 2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，步骤（1）中所述采用gQuant软件计算数据库中糖链的理论同位素分布，所述数据库是理论糖链数据库、实验获得糖链数据库或者使用者指定的糖库。 3.根据权利要求2所述的方法，其特征在于，步骤（2）中所述挑选用于定量的同位素峰，是挑选强度最高的同位素峰进行定量；糖链同位素峰挑选原则为：分子量在2250以下的选择第一同位素峰作为定量基准峰，2250-3850的分子量中第二同位素峰作为定量基准峰，以此类推。 4.根据权利要求3所述的方法，其特征在于，步骤（3）中所述对同位素峰进行准确校正，对于单电荷的分子，采用如下算法：设H,L分别为轻、重标记选定的质谱谱峰报道值，Htrue,Ltrue为轻重标记的真实质谱峰强度，i表示最高强度同位素峰相比单同位素峰的位置，m表示搜库出来的糖链对应在谱图上的真实质荷比，Ltrue、Htrue前面的系数由gQuant软件直接导出；于是校正算式为：式中，△m表示所用的同位素标记试剂的轻重同位素质量数差异，l和 h分别表示数据库对应糖链的同位素峰分布的计算值；下标i，i+△m，i-△m分别表示选定用于积分的峰序数，选定用于积分的峰序数增加△m，选定用于积分的峰序数减去△m。 5.根据权利要求4所述的方法，其特征在于，步骤（4）中所述通过校正以后的峰强度的比，输出定量结果，是将该糖链不同缀合物、不同价态的定量比值叠加，得到最终的定量比值，公式如下：式中，第一项表示所有的缀合物的加和，将加纳峰加钾峰等等都加上，第二项表示所有的价态，将带一个电荷的、两个电荷的等等都加上。
所属类别：	发明专利