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原文传递用于微管蛋白β-3链(TUBB3)蛋白的SRM/MRM测定

专利名称：	用于微管蛋白β-3链(TUBB3)蛋白的SRM/MRM测定
摘要：	本公开提供了特定肽，以及来自微管蛋白β‑3链蛋白(TUBB3)的肽的衍生电离特征，特别有利于通过选择反应监测(SRM)质谱在福尔马林中固定的生物样品中直接定量TUBB3蛋白。使用Liquid Tissue试剂和方案从生物样品制备蛋白质样品，并通过样品的SRM/MRM质谱分析对TUBB3蛋白进行定量，其中特定肽被定量。本公开提供了治疗方法，其中将患者肿瘤样品中TUBB3的测量水平与参考水平进行比较，并且当测量的TUBB3水平低于参考水平时，用基于紫杉烷的治疗方案治疗患者。合适的参考水平例如是约700amol/μg组织。
专利类型：	发明专利
国家地区组织代码：	美国;US
申请人：	爱科谱迅病理研究公司
发明人：	托德·亨布罗;法比奥拉·塞奇;沙力特·施瓦兹
专利状态：	有效
申请日期：	2017-09-07T00:00:00+0800
发布日期：	2019-06-07T00:00:00+0800
申请号：	CN201780060335.4
公开号：	CN109863405A
代理机构：	中科专利商标代理有限责任公司
代理人：	张国梁
分类号：	G01N33/68(2006.01);G;G01;G01N;G01N33
申请人地址：	美国马里兰州
主权项：	1.福尔马林固定组织的人生物样品中人TUBB3蛋白水平的测量方法，包括使用质谱检测和/或定量从所述人生物样品制备的蛋白质消化物中TUBB3片段肽的量；并计算所述样品中TUBB3蛋白的水平；其中所述TUBB3片段肽是SEQ IDNO：1，并且其中所述水平是相对水平或绝对水平。 2.权利要求1的方法，还包括在检测和/或定量所述TUBB3片段肽的量之前分离所述蛋白质消化物的步骤。 3.权利要求1的方法，其中所述蛋白质消化物包含蛋白酶消化物。 4.权利要求1的方法，其中所述组织是石蜡包埋组织。 5.权利要求1的方法，其中所述组织获自肿瘤。 6.权利要求1的方法，还包括定量所述TUBB3片段肽。 7.权利要求6的方法，其中定量所述TUBB3片段肽包括将一种生物样品中所述TUBB3片段肽的量与其他独立生物样品中相同TUBB3片段肽的量进行比较。 8.权利要求7的方法，其中定量所述TUBB3片段肽包括通过与已知量的添加内标肽进行比较来确定生物样品中所述TUBB3片段肽的量，其中将生物样品中的所述TUBB3片段肽与具有相同氨基酸序列的内标肽进行比较，以及其中所述内标肽是同位素标记的肽。 9.权利要求1的方法，其中检测和/或定量蛋白质消化物中所述TUBB3片段肽的量指示了存在修饰的或未修饰的TUBB3蛋白以及与受试者体内癌症的关联。 10.权利要求9的方法，还包括将所述检测和/或定量所述TUBB3片段肽的量的结果或所述TUBB3蛋白的水平与癌症的诊断阶段/等级/状态相关联。 11.权利要求10的方法，其中所述将所述检测和/或定量所述TUBB3片段肽的量的结果或所述TUBB3蛋白的水平与癌症的诊断阶段/等级/状态相关联与以多重形式检测和/或定量其他蛋白质或来自其他蛋白质的肽的量相结合，以提供关于癌症的诊断阶段/等级/状态的额外信息。 12.权利要求1的方法，还包括向所述生物样品获自其的患者施用治疗有效量的癌症治疗剂，其中所述治疗剂和/或治疗剂的施用量基于所述TUBB3片段肽的量或TUBB3蛋白的水平。 13.权利要求1的方法，其中治疗剂结合TUBB3蛋白和/或抑制其生物活性。 14.治疗患有癌症的患者的方法，包括： (a)定量从所述患者获得的肿瘤样品制备的蛋白质消化物中特定TUBB3片段肽的水平，并且使用质谱通过选择反应监测计算所述样品中TUBB3肽的水平； (b)将所述TUBB3片段肽的水平与参考水平进行比较，和 (c)当TUBB3片段肽的水平低于所述参考水平时，用基于紫杉烷的化疗方案治疗患者，或者 (d)当TUBB3片段肽的水平高于所述参考水平时，用不含有效量紫杉烷的治疗方案治疗患者。 15.权利要求14的方法，其中所述参考水平为700amol/μg+/-250amol/μg的被分析的生物样品蛋白。 16.权利要求14的方法，其中所述参考水平为700amol/μg+/-150amol/μg的被分析的生物样品蛋白。 17.权利要求14的方法，其中所述参考水平为700amol/μg+/-100amol/μg的被分析的生物样品蛋白。 18.权利要求14的方法，其中所述参考水平为700amol/μg+/-50amol/μg的被分析的生物样品蛋白。 19.权利要求14的方法，其中所述参考水平为700amol/μg+/-25amol/μg的被分析的生物样品蛋白。 20.权利要求14-19中任一项的方法，其中所述生物样品的所述蛋白质消化物通过Liquid Tissue方案进行制备。 21.权利要求14-20中任一项的方法，其中所述蛋白质消化物包含蛋白酶消化物。 22.权利要求21的方法，其中所述蛋白质消化物包含胰蛋白酶消化物。 23.权利要求14-21中任一项的方法，其中质谱包括串联质谱、离子阱质谱、三重四极杆质谱、MALDI-TOF质谱、MALDI质谱、混合离子阱/四极杆质谱和/或飞行时间质谱。 24.权利要求22的方法，其中使用的质谱模式是选择反应监测(SRM)、多重反应监测(MRM)和/或多重选择反应监测(mSRM)。 25.权利要求14-23中任一项的方法，其中所述特定TUBB3肽具有如SEQ ID NO：1所示的氨基酸序列。 26.权利要求14-24中任一项的方法，其中所述肿瘤样品是细胞、细胞集合或实体组织。 27.权利要求25所述的方法，其中所述肿瘤样品是福尔马林固定的实体组织。 28.权利要求26所述的方法，其中所述组织是石蜡包埋组织。 29.权利要求14-27中任一项的方法，其中定量特定TUBB3片段肽包括通过与已知量的掺入内标肽比较来确定所述样品中TUBB3肽的量，其中所述生物样品中的天然肽和内标肽都对应于相同的如SEQ ID NO：1所示的TUBB3片段肽的氨基酸序列。 30.权利要求28的方法，其中所述内标肽是同位素标记的肽。 31.权利要求29的方法，其中所述同位素标记的内标肽包含选自18O、17O、15N、13C、2H或其组合的一种或更多种重稳定同位素。 32.权利要求29的方法，其中检测和定量特定TUBB3片段肽可以与多重检测和定量来自其他蛋白质的其他肽相结合，使得关于使用哪种药剂进行治疗的治疗决策是基于生物样品中特定TUBB3片段肽与其他肽/蛋白质的特定水平。 33.权利要求14的方法，其中所述患者患有胃癌，并且其中当TUBB3水平低于参考水平时，所述患者用FOLFIRI进行治疗，然后用多西紫杉醇和顺铂(CDDP)进行治疗。 34.权利要求14的方法，其中所述患者患有胃癌，并且其中当TUBB3水平高于参考水平时，所述患者用FOLFIRI或5-FU加亚叶酸(甲酰四氢叶酸)进行治疗。 35.权利要求14的方法，其中所述患者患有三阴性乳腺癌，并且其中当TUBB3水平低于参考水平时，所述患者用ACT(蒽环类和环磷酰胺，随后是紫杉烷)进行治疗。 36.权利要求14的方法，其中所述患者患有三阴性乳腺癌，并且其中当TUBB3水平高于参考水平时，所述患者用CMF(环磷酰胺、甲氨蝶呤和5-FU)进行治疗。 37.权利要求34或35的方法，其中所述参考水平是850amol/μg+/-250amol/μg的被分析的生物样品蛋白。 38.权利要求36的方法，其中所述参考水平是850amol/μg+/-150amol/μg的被分析的生物样品蛋白。 39.权利要求36的方法，其中所述参考水平是850amol/μg+/-100amol/μg的被分析的生物样品蛋白。 40.权利要求36的方法，其中所述参考水平是850amol/μg+/-50amol/μg的被分析的生物样品蛋白。 41.权利要求36的方法，其中所述参考水平是850amol/μg+/-25amol/μg的被分析的生物样品蛋白。 42.权利要求34或35的方法，其中所述参考水平是930amol/μg+/-250amol/μg的被分析的生物样品蛋白。 43.权利要求41的方法，其中所述参考水平是930amol/μg+/-150amol/μg的被分析的生物样品蛋白。 44.权利要求41的方法，其中所述参考水平是930amol/μg+/-100amol/μg的被分析的生物样品蛋白。 45.权利要求41的方法，其中所述参考水平是930amol/μg+/-50amol/μg的被分析的生物样品蛋白。 46.权利要求41的方法，其中所述参考水平是930amol/μg+/-25amol/μg的被分析的生物样品蛋白。
所属类别：	发明专利