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原文传递用于对肿瘤样品中的细胞外基质生物标志物评分的方法和系统

专利名称：	用于对肿瘤样品中的细胞外基质生物标志物评分的方法和系统
摘要：	通过评价具有乙酰透明质酸染色的肿瘤相关细胞外基质(ECM)的面积与样品的相关部分的整个表面积相比较，对乙酰透明质酸染色的组织样品进行评分的方法和系统。本公开的方法和系统可以用于例如选择患者用于接收特定治疗。
专利类型：	发明专利
国家地区组织代码：	美国;US
申请人：	文塔纳医疗系统公司
发明人：	S.克利法;J.濮
专利状态：	有效
申请日期：	2017-09-21T00:00:00+0800
发布日期：	2019-07-30T00:00:00+0800
申请号：	CN201780058530.3
公开号：	CN110073218A
代理机构：	中国专利代理(香港)有限公司
代理人：	权陆军;黄希贵
分类号：	G01N33/574(2006.01);G;G01;G01N;G01N33
申请人地址：	美国亚利桑那州
主权项：	1.通过对来自个体的肿瘤的组织样品中的乙酰透明质酸(HA)含量进行评分来鉴定HA治疗有效的所述个体的方法，所述方法包括： (a) 通过针对HA染色所述组织样品而使所述组织样品中的HA可见；和 (b) 测定相对于背景具有任何强度的HA染色的肿瘤相关细胞外基质(ECM)的面积除以整个肿瘤表面的面积，以获得百分比以产生HA评分，其中大于或等于阈值的HA评分被指定为高HA，并且小于阈值的HA评分被指定为低HA，其中高HA评分指示HA治疗有效的个体。 2.权利要求1的方法，其中相对于背景的任何强度的染色包括HA的弱(1+)染色，HA的中等(2+)染色，和HA的强(3+)染色。 3.权利要求1的方法，其中将相对于背景具有任何强度的HA染色的肿瘤相关ECM的面积除以整个肿瘤表面的面积测定为百分比包括 (a) 分开测定(i)作为百分比的具有HA的弱(1+)染色的肿瘤相关ECM的面积相比于整个肿瘤表面的面积；(ii)作为百分比的具有HA的中等(2+)染色的肿瘤相关ECM的面积相比于整个肿瘤表面的面积；和(iii)作为百分比的具有HA的强(3+)染色的肿瘤相关ECM的面积相比于整个肿瘤表面的面积；和 (b) 计算(i)、(ii)和(iii)的总和。 4.权利要求1的方法，其中所述肿瘤是乳腺、肺、前列腺、胰腺、胃肠道或泌尿生殖道的肿瘤。 5.权利要求1的方法，其中所述肿瘤表面包含肿瘤细胞和相关基质。 6.权利要求1的方法，其中所述肿瘤表面不包含坏死区域。 7.权利要求6的方法，其中非肿瘤相关基质是囊。 8.权利要求1的方法，其中背景是指不干扰HA读数的弱或不可察觉的非特异性染色。 9.权利要求1的方法，其中所述阈值是50%。 10.权利要求1的方法，其中所述HA治疗包含PEGPH20。 11.抑制患者中的肿瘤生长的方法，所述方法包括： (a) 用高乙酰透明质酸(HA)评分鉴定具有肿瘤的患者，所述高乙酰透明质酸(HA)评分如通过如下测定： (i) 通过针对HA染色组织样品而使所述组织样品中的HA可见；和 (ii) 测定相对于背景具有任何强度的HA染色的肿瘤相关细胞外基质(ECM)的面积除以整个肿瘤表面的面积，以获得百分比以产生HA评分，其中大于或等于阈值的HA评分被指定为高HA评分；并且 (b) 将抗HA治疗施用于具有高HA评分的具有肿瘤的患者，所述抗HA治疗转化肿瘤微环境以抑制肿瘤的生长。 12.权利要求11的方法，其中所述抗HA治疗促进其他治疗进入所述肿瘤。 13.权利要求11的方法，其中所述抗HA治疗包含PEGPH20。 14.权利要求11的方法，其中所述肿瘤是乳腺、肺、前列腺、胰腺、胃肠道或泌尿生殖道的肿瘤。 15.权利要求11的方法，其中所述阈值是50%。 16.转化患者中的肿瘤的肿瘤微环境的方法，所述方法包括： (a) 用高乙酰透明质酸(HA)评分鉴定具有肿瘤的患者，所述高乙酰透明质酸(HA)评分如通过如下测定： (i) 通过针对HA染色所述组织样品而使所述组织样品中的HA可见；和 (ii) 测定相对于背景具有任何强度的HA染色的肿瘤相关细胞外基质(ECM)的面积除以整个肿瘤表面的面积，以获得百分比以产生HA评分，其中大于或等于阈值的HA评分被指定为高HA评分；并且 (b) 将抗HA治疗施用于具有高HA评分的具有肿瘤的患者，所述抗HA治疗通过耗竭肿瘤的ECM中的HA来转化肿瘤微环境。 17.权利要求16的方法，其中所述抗HA治疗促进其他治疗进入所述肿瘤。 18.权利要求16的方法，其中所述抗HA治疗包含PEGPH20。 19.权利要求16的方法，其中所述肿瘤是乳腺、肺、前列腺、胰腺、胃肠道或泌尿生殖道的肿瘤。 20.权利要求16的方法，其中所述阈值是50%。 21.评价肿瘤对医学治疗的可接受性的方法，所述方法包括： (a) 通过针对ECM生物标志物染色组织样品而使肿瘤的组织样品中的细胞外基质(ECM)生物标志物可见； (b) 测定相对于背景具有任何强度的ECM生物标志物染色的肿瘤相关ECM的面积，并将所述面积除以整个肿瘤表面的面积以获得ECM生物标志物评分；其中大于或等于阈值的ECM生物标志物评分指示所述肿瘤是所述医学治疗可接受的，使得所述医学治疗抑制肿瘤生长，减小肿瘤大小或消除肿瘤。 22.权利要求21的方法，其中所述ECM生物标志物是乙酰透明质酸(HA)。 23.权利要求22的方法，其中所述肿瘤是乳腺、肺、前列腺、胰腺、胃肠道或泌尿生殖道的肿瘤。 24.测定肿瘤中细胞外基质(ECM)生物标志物的含量的方法，所述方法包括 (a) 通过针对ECM生物标志物染色肿瘤的组织样品而使肿瘤的组织样品中的ECM生物标志物可见；和 (b) 测定相对于背景具有任何强度的ECM生物标志物染色的肿瘤相关ECM的面积，并将所述面积除以整个肿瘤表面的面积以获得ECM生物标志物评分；其中大于或等于阈值的ECM评分指示所述肿瘤具有高ECM生物标志物含量。 25.权利要求23的方法，其中所述ECM生物标志物是乙酰透明质酸(HA)。 26.权利要求24的方法，其中所述肿瘤是乳腺、肺、前列腺、胰腺、胃肠道或泌尿生殖道的肿瘤。 27.方法，其包括： (a) 在针对乙酰透明质酸(HA)组织化学染色的组织切片的数字图像上注释目标区域(ROI)，其中ROI包括肿瘤表面； (b) 在所述数字图像中检测HA的组织化学染色；和 (c) 根据公式1或公式2测定HA评分：其中： ● 面积(ECM染色)是具有高于背景染色的HA的任何染色强度的肿瘤相关ECM的面积； ● 面积(ECM w/ 1+)是具有1+的HA染色强度的肿瘤相关ECM的面积； ● 面积(ECM w/ 2+)是具有2+的HA染色强度的肿瘤相关ECM的面积； ● 面积(ECM w/ 3+)是具有3+的HA染色强度的肿瘤相关ECM的面积；且 ● 面积(TS)是ROI内肿瘤表面的总表面积。 28.权利要求27的方法，其中HA染色剂通过如下沉积：在促进TSG6-Fc1b与组织切片中的HA特异性结合的条件下使所述组织切片与TSG6和兔Fc的重组融合体(TSG6-Fc1b)接触，和在导致染料沉积在组织切片的HA附近的条件下使与组织切片结合的TSG6-Fc1b与检测试剂反应。 29.权利要求27或28的方法，其中所述组织切片是乳腺、肺、前列腺、胰腺、胃肠道或泌尿生殖道的肿瘤的切片。 30.权利要求27–29中任一项的方法，其中所述ROI由肿瘤表面组成。 31.系统，其包含：处理器；和存储器，其与所述处理器耦合，所述存储器用于存储计算机可执行指令，所述计算机可执行指令在由所述处理器执行时引起所述处理器执行操作，包括权利要求27-30中任一项的方法。 32.权利要求31的系统，其进一步包含扫描仪或显微镜，其适于捕获组织样品的数字图像并将图像传送至计算机设备。 33.权利要求31或32的系统，其进一步包含自动化载片染色机，其被编程为对组织样品的一个或多个切片针对HA进行组织化学染色。 34.权利要求31–33中任一项的系统，其进一步包含用于跟踪样品和图像工作流程的实验室信息系统(LIS)，所述LIS包含中央数据库，所述中央数据库被配置为接收和存储与所述组织样品相关的信息，所述信息包含以下中的至少一种： ● 待在组织切片上实施的处理步骤， ● 待在组织切片的数字图像上实施的处理步骤，和 ● 组织切片和数字图像的处理历史。 35.非暂时性计算机可读存储介质，其用于存储由处理器实施以执行操作的计算机可执行指令，所述操作包括权利要求27-30中任一项的方法。 36.用于通过对来自个体的肿瘤的组织样品的数字图像进行评分来鉴定透明质酸(HA)指导的治疗有效的所述个体的系统，所述组织样品已经进行针对HA的亲和组织化学染色，所述系统包含：图像分析系统，其包含处理器和与处理器耦合的存储器，所述存储器用于存储计算机可执行指令，所述计算机可执行指令当由处理器执行时，引起所述处理器执行操作，所述操作包括：在图像内鉴定肿瘤相关细胞外基质(ECM)面积；在图像内鉴定总肿瘤表面积；和根据以下对图像内的像素进行分类：像素是否在肿瘤相关ECM区域内；像素是否具有高于第一阈值水平的强度，所述阈值水平是背景染色和HA特异性染色之间的截止值；并且任选地，其中像素的HA染色强度下降的一组预定范围之一；并且将一组评分规则应用于图像以计算HA评分，所述HA评分是相对于背景具有HA染色的肿瘤相关ECM的面积除以总肿瘤表面积的函数，其中高于第二阈值的HA评分可预测对HA治疗的反应。 37.权利要求36的系统，其中所述HA评分根据公式1计算：其中： ● 面积(ECM)是具有高于背景的任何强度的HA染色的肿瘤相关细胞外基质的面积；且 ● 面积(TS)是肿瘤表面的总表面积。 38.权利要求36的系统，其中一组预定HA染色强度范围包括(i)低染色强度范围，(ii)中等染色强度范围，和(iii)强染色强度范围，并且其中所述HA评分是单独除以整个肿瘤表面的面积的(i)、(ii)和(iii)各自的函数。 39.权利要求38的系统，其中所述HA评分根据公式3计算：其中： ● 面积(ECM低)是具有低染色强度范围内的HA染色强度的肿瘤相关细胞外基质的面积； ● 面积(ECM中)是具有中等染色强度范围内的HA染色强度的肿瘤相关细胞外基质的面积； ● 面积(ECM高)是具有强染色强度范围内的HA染色强度的肿瘤相关细胞外基质的面积；且 ● 面积(TS)是总肿瘤表面积。 40.权利要求36的系统，其中所述操作进一步包括：通过基于所述像素的HA染色强度将所述肿瘤相关ECM区域的像素转换为多种颜色之一来产生转换的图像，其中具有落在第一阈值水平之下的HA染色强度的像素具有第一颜色，并且具有落在第一阈值水平之上的HA染色强度的像素具有第二颜色，其中所述第一颜色不同于所述第二颜色。 41.权利要求36的系统，其中具有落在第一阈值水平之上的HA染色强度的像素根据其中所述像素的HA染色强度下降的一组预定范围之一进行分类，并且其中所述操作进一步包括：通过基于所述像素的HA染色强度将所述肿瘤相关ECM区域的像素转换为多种颜色之一来产生转换的图像，其中具有落在第一阈值水平之下的HA染色强度的像素具有第一颜色，并且为每个预定范围内的像素分配与第一颜色不同并且与不同预定范围内的像素不同的颜色。 42.权利要求36–41中任一项的系统，其进一步包括与图像分析系统通信地耦合的输出设备，其中所述图像分析系统适于从所述图像分析系统发送一个或多个输出，其中所述输出包括HA评分、图像和转换的图像中的至少一种。 43.权利要求36–42中任一项的系统，其中所述系统进一步包含扫描仪，所述扫描仪适于从所述组织样品的组织切片产生数字图像，并将所述数字图像通信至所述图像分析系统或非易失性存储介质。 44.权利要求36–43中任一项的系统，其中所述系统进一步包含自动化IHC/ISH载片染色机和所述组织样品的未染色组织切片，其中所述自动化IHC/ISH载片染色机适于针对HA染色未染色的组织切片。 45.权利要求44的系统，其中所述自动化IHC/ISH载片染色机包含基于TSG-6的探针和与所述基于TSG-6的探针相容的一组特异性检测试剂。 46.权利要求45的系统，其中所述基于TSG-6的探针是TSG-6-Fc融合体。 47.权利要求46的系统，其中所述自动化IHC/ISH载片染色机包含根据表1的TSG6-Fc融合体和检测试剂的组合。 48.权利要求37或权利要求39的系统，其中所述第二阈值是50%。 49.权利要求36–48中任一项的系统，其中所述肿瘤是乳腺、肺、前列腺、胰腺、胃肠道或泌尿生殖道的肿瘤。 50.权利要求36–49中任一项的系统，其中HA指导的治疗包含PEGPH20。
所属类别：	发明专利