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原文传递外排体引导的癌症治疗

专利名称：	外排体引导的癌症治疗
摘要：	使用由外排体获得的信息监测患者治疗的系统和方法，其中在肿瘤外的生物流体中的外排体中跟踪从肿瘤中识别的治疗靶标。
专利类型：	发明专利
国家地区组织代码：	美国;US
申请人：	河谷控股IP有限责任公司
发明人：	派翠克·松吉翁
专利状态：	有效
申请日期：	2017-06-21T00:00:00+0800
发布日期：	2019-05-03T00:00:00+0800
申请号：	CN201780038983.X
公开号：	CN109716135A
代理机构：	北京柏杉松知识产权代理事务所(普通合伙)
代理人：	刘晶晶;刘继富
分类号：	G01N33/68(2006.01);G;G01;G01N;G01N33
申请人地址：	美国加利福尼亚州
主权项：	1.一种监测患者治疗的方法，其包括：使用多个组学数据识别患者特异性疾病相关蛋白；确定第一外排体中所述患者特异性疾病相关蛋白的存在和量的至少一个，其中所述第一外排体是在治疗前从患者的生物流体中获得的；其中所述治疗靶向患者特异性疾病相关蛋白；确定第二外排体中所述患者特异性疾病相关蛋白的存在和量的至少一个，其中所述第二外排体是在治疗期间或治疗之后从患者的生物流体中获得的；基于第二外排体中患者特异性疾病相关蛋白的存在和量中的至少一个的确定来更新患者记录。 2.根据权利要求1所述的方法，其中所述多个组学数据选自全基因组测序数据、外显子组测序数据、转录组测序数据和蛋白组测序数据。 3.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述多个组学数据包括患病组织的组学数据和匹配的正常组织的组学数据。 4.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中使用途径分析算法来识别所述患者特异性疾病相关蛋白。 5.根据权利要求4所述的方法，其中所述途径分析算法是PARADIGM。 6.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述患者特异性疾病相关蛋白是过表达的蛋白或突变的蛋白。 7.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述患者特异性疾病相关蛋白是激酶、受体、生长因子、转录因子或信号转导相关蛋白，其中所述治疗包括靶向激酶、受体、生长因子、转录因子或信号转导相关蛋白的化学疗法。 8.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述患者特异性疾病相关蛋白是患者和肿瘤特异性新表位，其中所述治疗包括靶向患者和肿瘤特异性新表位的免疫疗法。 9.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其还包括分析在所述第一外排体和第二外排体的至少一个中存在的核酸的步骤，任选地其中所述核酸是双微染色体。 10.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中使用质谱反应监测来确定所述患者特异性疾病相关蛋白的存在和量。 11.根据权利要求10所述的方法，其中所述质谱反应监测选自选择反应监测、连续反应监测、多反应监测和平行反应监测。 12.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中使用非特异性包埋和抗体介导的捕获中的至少一种来分离外排体。 13.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述生物流体是全血、血清、血浆或尿液。 14.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中重复确定所述第二外排体中所述患者特异性疾病相关蛋白的存在和量中的至少一个的步骤至少一次。 15.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中更新患者记录的步骤包括修改治疗的建议。 16.根据权利要求1所述的方法，其中所述多个组学数据包括患病组织的组学数据和匹配的正常组织的组学数据。 17.根据权利要求1所述的方法，其中使用途径分析算法来识别所述患者特异性疾病相关蛋白。 18.根据权利要求17所述的方法，其中所述途径分析算法是PARADIGM。 19.根据权利要求1所述的方法，其中所述患者特异性疾病相关蛋白是过表达的蛋白或突变的蛋白。 20.根据权利要求1所述的方法，其中所述患者特异性疾病相关蛋白是激酶、受体、生长因子、转录因子或信号转导相关蛋白，其中所述治疗包括靶向激酶、受体、生长因子、转录因子或信号转导相关蛋白的化学疗法。 21.根据权利要求1所述的方法，其中所述患者特异性疾病相关蛋白是患者和肿瘤特异性新表位，其中所述治疗包括靶向患者和肿瘤特异性新表位的免疫疗法。 22.根据权利要求1所述的方法，其还包括分析在所述第一外排体和第二外排体的至少一个中存在的核酸的步骤，任选地其中所述核酸是双微染色体。 23.根据权利要求1所述的方法，其中使用质谱反应监测来确定所述患者特异性疾病相关蛋白的存在和量。 24.根据权利要求23所述的方法，其中所述质谱反应监测选自选择反应监测、连续反应监测、多反应监测和平行反应监测。 25.根据权利要求1所述的方法，其中使用非特异性包埋和抗体介导的捕获中的至少一种来分离外排体。 26.根据权利要求1所述的方法，其中所述生物流体是全血、血清、血浆或尿液。 27.根据权利要求1所述的方法，其中重复确定所述第二外排体中所述患者特异性疾病相关蛋白的存在和量中的至少一个的步骤至少一次。 28.根据权利要求1所述的方法，其中更新患者记录的步骤包括修改治疗的建议。 29.一种选择用于监测治疗的外排体标志物的方法，其包括：使用多个组学数据识别患者特异性疾病相关蛋白，以及识别靶向所述患者特异性疾病相关蛋白的治疗组合物；确定外排体中所述患者特异性疾病相关蛋白的存在和量的至少一个，其中所述外排体是在治疗前从患者的生物流体中获得的；在确定患者特异性疾病相关蛋白以足以定量的量存在时，选择该疾病相关蛋白用于监测治疗。 30.根据权利要求29所述的方法，其中所述多个组学数据选自全基因组测序数据、外显子组测序数据、转录组测序数据和蛋白组测序数据。 31.根据权利要求29或30所述的方法，其中使用途径分析算法来识别所述患者特异性疾病相关蛋白。 32.根据权利要求31所述的方法，其中所述途径分析算法是PARADIGM。 33.根据权利要求29至32中任一项所述的方法，其中所述多个组学数据包括患病组织的组学数据和匹配的正常组织的组学数据。 34.根据权利要求29至33中任一项所述的方法，其中所述疾病是癌症。 35.根据权利要求29至34中任一项所述的方法，其中所述患者特异性疾病相关蛋白是过表达的蛋白或突变的蛋白。 36.根据权利要求29至35中任一项所述的方法，其中所述患者特异性疾病相关蛋白是激酶、受体、生长因子、转录因子或信号转导相关蛋白，其中所述治疗包括靶向激酶、受体、生长因子、转录因子或信号转导相关蛋白的化学疗法。 37.根据权利要求29至35中任一项所述的方法，其中所述患者特异性疾病相关蛋白是患者和肿瘤特异性新表位，其中所述治疗包括靶向患者和肿瘤特异性新表位的免疫疗法。 38.根据权利要求29至37中任一项所述的方法，其中使用质谱反应监测来确定所述患者特异性疾病相关蛋白的存在和量。 39.根据权利要求29至38中任一项所述的方法，其中足以定量的量是至少阿托摩尔级的疾病相关蛋白。 40.根据权利要求29所述的方法，其中所述多个组学数据是差异组学数据。 41.根据权利要求29所述的方法，其中使用途径分析算法来识别所述患者特异性疾病相关蛋白。 42.根据权利要求41所述的方法，其中所述途径分析算法是PARADIGM。 43.根据权利要求29所述的方法，其中所述多个组学数据包括患病组织的组学数据和匹配的正常组织的组学数据。 44.根据权利要求29所述的方法，其中所述疾病是癌症。 45.根据权利要求29所述的方法，其中所述患者特异性疾病相关蛋白是过表达的蛋白或突变的蛋白。 46.根据权利要求29所述的方法，其中所述患者特异性疾病相关蛋白是激酶、受体、生长因子、转录因子或信号转导相关蛋白，其中所述治疗包括靶向激酶、受体、生长因子、转录因子或信号转导相关蛋白的化学疗法。 47.根据权利要求29所述的方法，其中所述患者特异性疾病相关蛋白是患者和肿瘤特异性新表位，其中所述治疗包括靶向患者和肿瘤特异性新表位的免疫疗法。 48.根据权利要求29所述的方法，其中使用质谱反应监测来确定所述患者特异性疾病相关蛋白的存在和量。 49.根据权利要求29所述的方法，其中足以定量的量是至少阿托摩尔级的疾病相关蛋白。 50.一种监测患者的免疫疗法治疗的方法，其包括：确定第一外排体中患者和肿瘤特异性新表位的存在和量的至少一个，其中所述第一外排体是在治疗前从患者的生物流体中获得的，其中所述治疗靶向患者和肿瘤特异性新表位；确定第二外排体中患者和肿瘤特异性新表位的存在和量的至少一个，其中所述第二外排体是在治疗期间或治疗之后从患者的生物流体中获得的；并且其中使用质谱反应监测进行确定步骤。 51.根据权利要求50所述的方法，其中所述免疫疗法治疗包括施用含有编码患者和肿瘤特异性新表位的核酸的重组实体。 52.根据权利要求51所述的方法，其中所述重组实体是腺病毒，其任选地为复制缺陷型。 53.根据权利要求51所述的方法，其中所述重组实体是经辐照的细菌或经辐照的酵母。 54.根据权利要求50至53中任一项所述的方法，其还包括分析在所述第一外排体和第二外排体的至少一个中存在的核酸的步骤。 55.根据权利要求50至54中任一项所述的方法，其还包括分析在所述生物流体中的循环肿瘤RNA的步骤。 56.根据权利要求50至55中任一项所述的方法，其中所述质谱反应监测选自选择反应监测、连续反应监测、多反应监测和平行反应监测。 57.根据权利要求50所述的方法，其还包括分析在所述第一外排体和第二外排体的至少一个中存在的核酸的步骤。 58.根据权利要求50所述的方法，其还包括分析在所述生物流体中的循环肿瘤RNA的步骤。 59.根据权利要求50所述的方法，其中所述质谱反应监测选自选择反应监测、连续反应监测、多反应监测和平行反应监测。 60.根据权利要求50所述的方法，其中所述免疫疗法治疗包括施用检查点抑制剂和免疫刺激细胞因子中的至少一种。
所属类别：	发明专利