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人白细胞抗原限制的γδT细胞受体及其使用方法
| 专利名称： | 人白细胞抗原限制的γδT细胞受体及其使用方法 |
| 摘要： | 本文公开了治疗患有癌症的受试者的组合物和方法。该组合物和方法利用免疫响应细胞实现对肿瘤细胞的杀伤。 |
| 专利类型： | 发明专利 |
| 国家地区组织代码： | 荷兰;NL |
| 申请人： | 歌德塔有限公司 |
| 发明人： | 于尔根·赫伯特·恩斯特·库巴尔;吉多·约里斯·扬·基尔克尔斯;若尔特·谢拜特延 |
| 专利状态： | 有效 |
| 申请日期： | 2017-06-12T00:00:00+0800 |
| 发布日期： | 2019-07-09T00:00:00+0800 |
| 申请号： | CN201780048585.6 |
| 公开号： | CN109997041A |
| 代理机构： | 北京康信知识产权代理有限责任公司 |
| 代理人： | 张英;沈敬亭 |
| 分类号： | G01N33/50(2006.01);G;G01;G01N;G01N33 |
| 申请人地址： | 荷兰乌得勒支 |
| 主权项： | 1.一种组合物，包含多肽构建体，所述多肽构建体在HLA分子与靶细胞上的至少一个另外的HLA分子复合时选择性地结合所述靶细胞上的人白细胞抗原(HLA)分子或其部分，其中所述多肽构建体不结合未复合的HLA分子，并且其中所述多肽构建体是细胞上表达的或是合成的。 2.根据权利要求1所述的组合物，其中，所述HLA分子是HLA-A血清型或其变体。 3.根据权利要求2所述的组合物，其中，所述HLA-A血清型是HLA-A*24。 4.根据权利要求3所述的组合物，其中，所述HLA-A*24是HLA-A*24:02。 5.根据权利要求1至4中任一项所述的组合物，其中，所述复合物包含所述HLA分子的簇聚体。 6.根据权利要求1至4中任一项所述的组合物，其中，所述复合物包含K构象。 7.根据权利要求6所述的组合物，其中，所述K构象包括与相当的正常细胞相比时所述HLA分子的差异特异性分布或差异性簇聚体中的至少一种。 8.根据权利要求1至7中任一项所述的组合物，其中所述多肽构建体结合至少一种共同受体。 9.根据权利要求8所述的组合物，其中，所述至少一种共同受体选自由以下组成的组：CD8，CD4，CD28，CCR和CXCR4。 10.根据权利要求9所述的组合物，其中，所述至少一种共同受体是CD8。 11.根据权利要求10所述的组合物，其中，所述至少一种共同受体包括CD8α或CD8β中的至少一种。 12.根据权利要求1至11中任一项所述的组合物，其中，所述靶细胞是癌细胞。 13.根据权利要求12所述的组合物，其中，所述癌细胞异常表达所述HLA分子。 14.根据权利要求13所述的组合物，其中，所述异常表达包括所述靶细胞上的所述K构象，并且所述异常表达和所述复合不存在于相当的正常细胞上。 15.根据权利要求13所述的组合物，其中，与相当的正常细胞上的非异常表达的HLA相比，所述异常表达包括结构、移动性、柔性或区室化中的至少一种。 16.根据权利要求1至15中任一项所述的组合物，其中，所述复合通过流式细胞术或显微镜检测。 17.根据权利要求12至16中任一项所述的组合物，其中，与所述相当的正常细胞相比，所述癌细胞过表达所述HLA。 18.根据权利要求17所述的组合物，其中，所述过表达包括通过流式细胞术检测的所述癌细胞的群体上约1％至约100％的表达。 19.根据权利要求17至18中任一项所述的组合物，其中，所述过表达包括通过免疫组织化学(IHC)分析对所述HLA分子的阳性检测。 20.根据权利要求1至19中任一项所述的组合物，其中，所述多肽构建体在免疫细胞上表达。 21.根据权利要求20所述的组合物，其中，所述免疫细胞来自骨髓系或淋巴系。 22.根据权利要求21所述的组合物，其中，所述免疫细胞来自淋巴系。 23.根据权利要求22所述的组合物，其中，来自淋巴系的所述免疫细胞是自然杀伤(K)细胞、B细胞或T细胞中的至少一种。 24.根据权利要求20至23中任一项所述的组合物，其中，所述免疫细胞是多种T细胞。 25.根据权利要求24所述的组合物，其中，所述多种T细胞是工程化的αβT细胞。 26.根据权利要求20至25中任一项所述的组合物，其中，所述免疫细胞病毒修饰为表达所述多肽构建体。 27.根据权利要求20至26中任一项所述的组合物，其中，所述免疫细胞非病毒修饰为表达所述多肽构建体。 28.根据权利要求1至27中任一项所述的组合物，其中，所述多肽构建体编码T细胞受体(TCR)、抗体、嵌合抗原受体(CAR)、B细胞受体及它们的任何组合的至少一部分。 29.根据权利要求28所述的组合物，其中，所述TCR的至少一部分是工程化的TCR。 30.根据权利要求28至29中任一项所述的组合物，其中，所述TCR是γδTCR。 31.根据权利要求30所述的组合物，其中，所述γδTCR是γ9δ2TCR或γ5δ1TCR。 32.根据权利要求30至31中任一项所述的组合物，其中，所述γδTCR对所述免疫细胞是外源的。 33.根据权利要求20至32中任一项所述的组合物，其中，将所述免疫细胞扩增。 34.根据权利要求20至33中任一项所述的组合物，其中，将所述免疫细胞给予对其有需要的受试者。 35.根据权利要求34所述的组合物，其中，所述对其有需要的受试者在所述给予所述免疫细胞之前接受淋巴细胞删除疗法。 36.根据权利要求35所述的组合物，其中，所述淋巴细胞删除疗法包括给予环磷酰胺，氟达拉滨，放射或它们的组合。 37.根据权利要求1至36中任一项所述的组合物，其中，所述多肽构建体包含γ-TCR多肽序列、δ-TCR多肽序列、它们的变体和片段中的至少一种。 38.根据权利要求1至37中任一项所述的组合物，其中，所述多肽构建体包含选自表2和6中的列表的γ-TCR多肽序列的CDR3区、选自表2和表5中的列表的δ-TCR多肽序列的CDR3区、它们的变体和片段。 39.根据权利要求1至38中任一项所述的组合物，其中，所述多肽构建体包含与选自由SEQ ID NO：2、SEQ ID NO：3、SEQ ID NO：4的氨基酸19-309、SEQ ID NO：5的氨基酸21-293和SEQ ID NO：6至SEQ ID NO：428组成的组的序列中的序列具有至少约80％，90％，95％，98％，至约99％的序列一致性的序列。 40.根据权利要求1至39中任一项所述的组合物，其中，所述组合物与至少一种另外的治疗剂组合给予至所述对其有需要的受试者。 41.根据权利要求1至40中任一项所述的组合物，其中，所述组合物是药物组合物。 42.一种药物组合物，包含： a.权利要求1至41中任一项所述的组合物；和 b.以下至少一种：赋形剂，稀释剂或载体。 43.根据权利要求40所述的药物组合物，其中，所述药物组合物以单位剂型给予。 44.根据权利要求42至43中任一项所述的药物组合物，其中，所述药物组合物为片剂，液体，糖浆，口服制剂，静脉内制剂，鼻内制剂，皮下制剂，可吸入呼吸制剂，栓剂，及它们的任何组合的形式。 45.根据权利要求44所述的药物组合物，其中，所述药物组合物以输注形式给予。 46.根据权利要求45所述的药物组合物，其中，所述药物组合物的所述给予至少部分改善所述对其有需要的受试者中的疾病或病症。 47.根据权利要求46所述的药物组合物，其中，所述改善包括通过计算机断层扫描术(CT)扫描测量的肿瘤尺寸减小至少约30％。 48.根据权利要求47所述的药物组合物，其中，所述改善包括通过肿瘤病变的直径的基线测量的变化小于10％测量的稳定肿瘤尺寸，所述肿瘤病变的直径的基线测量通过计算机断层扫描术(CT)扫描测量。 49.一种治疗对其有需要的受试者的方法，包括向所述受试者给予：有效量的包含结合与至少一个另外的HLA分子复合的人白细胞抗原(HLA)分子的多肽构建体的药物组合物，并且其中所述多肽构建体不结合未复合的HLA分子。 50.根据权利要求49所述的方法，其中，所述HLA分子是HLA-A血清型或其变体。 51.根据权利要求50所述的方法，其中，所述HLA-A是HLA-A*24。 52.根据权利要求51所述的方法，其中，所述HLA-A*24是HLA-A*24:02。 53.根据权利要求49至52中任一项所述的方法，其中，所述多肽构建体包含γ-TCR多肽序列、δ-TCR多肽序列、它们的变体和片段中的至少一种。 54.根据权利要求49至53中任一项所述的方法，其中，所述多肽构建体包含选自表2和6中的列表的γ-TCR多肽序列的CDR3区、选自表2和表5中的列表的δ-TCR多肽序列的CDR3区、它们的变体和片段。 55.根据权利要求49至54中任一项所述的方法，其中，所述多肽构建体包含与选自由SEQ ID NO：2，SEQ ID NO：3，SEQ ID NO：4的氨基酸19-309，SEQ ID NO：5的氨基酸21-293和SEQ ID NO：6至SEQ ID NO：428组成的组的序列中的序列具有约80％，90％，95％，98％，至约99％的序列一致性的序列。 56.根据权利要求49至55中任一项所述的方法，进一步包括向所述对其有需要的受试者给予细胞因子、化疗、放射或它们的组合中的至少一种。 57.根据权利要求56所述的方法，其中，所述细胞因子是白细胞介素-2。 58.根据权利要求56至57中任一项所述的方法，其中，所述化疗包括环磷酰胺或氟达拉滨中的至少一种。 59.根据权利要求49至58中任一项所述的方法，其中，所述多肽构建体是冻干的。 60.根据权利要求49至59中任一项所述的方法，进一步包括佐剂，稀释剂，载体或它们的组合。 61.一种治疗包括异常HLA-A*24表达的疾病的方法，包括给予结合人白细胞抗原(HLA)-A*24的至少一部分的第一治疗剂，和以下的至少一种：随后再次给予所述第一治疗剂，和给予第二治疗剂。 62.根据权利要求61所述的方法，其中，所述第一治疗剂包含T细胞受体(TCR)、抗体、嵌合抗原受体(CAR)、B细胞受体及它们的任意组合的至少一部分。 63.根据权利要求62所述的方法，其中，所述TCR的至少一部分是αβTCR或γδTCR。 64.根据权利要求63所述的方法，其中，所述TCR是γδTCR。 65.根据权利要求61至64中任一项所述的方法，其中，所述第一治疗剂是表达所述γδTCR的工程化细胞。 66.根据权利要求65所述的方法，其中，所述工程化细胞来自淋巴系或骨髓系。 67.根据权利要求66所述的方法，其中，所述工程化细胞来自淋巴系，并选自自然杀伤(NK)细胞，B细胞或T细胞。 68.根据权利要求67的方法，其中，所述工程化细胞是T细胞。 69.根据权利要求61至68中任一项的方法，其中，当所述HLA-A*24与至少一个另外的HLA分子复合时，所述第一治疗剂结合癌细胞。 70.根据权利要求61至69中任一项所述的方法，其中，所述再次给予在第一治疗剂的所述给予后约24小时至约1年进行。 71.根据权利要求61至70中任一项所述的方法，进一步包括通过定量PCR(qPCR)或流式细胞术中的至少一种检测所述第一治疗剂的水平。 72.根据权利要求61至71中任一项所述的方法，其中，所述第二治疗剂选自由以下组成的组：化学治疗剂，放射治疗剂或免疫治疗剂。 73.根据权利要求72所述的方法，其中，所述第二治疗剂是免疫治疗剂。 74.一种工程化细胞，包含：编码多肽构建体的基因组改变，所述多肽构建体当HLA分子与靶细胞上的至少一个另外的HLA分子复合时选择性地结合所述靶细胞上的人白细胞抗原(HLA)分子或其部分，其中所述多肽构建体不结合未复合的HLA分子。 75.根据权利要求74所述的工程化细胞，其中，所述HLA包括I类，II类或其组合。 76.根据权利要求75所述的工程化细胞，其中，所述HLA包括I类(HLA-1)。 77.根据权利要求76所述的工程化细胞，其中，所述HLA-1包括HLA-A。 78.根据权利要求77所述的工程化细胞，其中，所述HLA-A是HLA-A*24。 79.根据权利要求78所述的工程化细胞，其中，所述HLA-A*24等位基因包括HLA-A*24:02。 80.根据权利要求74至79中任一项所述的工程化细胞，其中，所述基因组改变包括敲入，所述敲入包括所述多肽构建体的病毒引入。 81.根据权利要求80所述的工程化细胞，其中，所述病毒引入包括选自由慢病毒，逆转录病毒，腺病毒及它们的任何组合组成的组的病毒。 82.根据权利要求81所述的工程化细胞，其中，所述病毒引入包括逆转录病毒。 83.根据权利要求74至82中任一项所述的工程化细胞，其中，所述多肽构建体包含至少一种γδTCR或其片段或变体。 84.根据权利要求83所述的工程化细胞，其中，所述γδTCR包含选自由表2和6的列表的γ-TCR多肽序列，选自表2和5的列表的δ-TCR多肽序列的CDR3区，它们的变体及片段。 85.根据权利要求74至84中任一项所述的工程化细胞，其中，所述多肽构建体在至少一种另外的肽和/或至少一种共同受体的存在下选择性地结合所述靶细胞上的所述HLA。 86.根据权利要求85所述的工程化细胞，其中，所述至少一种共同受体选自由以下组成的组：CD8，CD4，CD28，CCR和CXCR4。 87.根据权利要求86所述的工程化细胞，其中所述至少一种共同受体是CD8。 88.根据权利要求87所述的工程化细胞，其中所述至少一种共同受体包括CD8α或CD8β中的至少一种。 89.一种包含权利要求74至88中任一项所述的工程化细胞的细胞群体。 90.根据权利要求89所述的群体，其中，约60％至约100％的所述工程化细胞表达所述多肽构建体。 91.根据权利要求89至90中任一项所述的群体，其中，所述工程化细胞是多种αβT细胞。 92.根据权利要求89至91中任一项所述的群体，其中，当向对其有需要的受试者给予所述群体时，癌症被控制，减少或消除。 93.根据权利要求89至92中任一项所述的群体，其中，当向对其有需要的受试者给予所述群体时，病毒感染被控制，减少或消除。 94.根据权利要求93所述的群体，其中，通过计算机断层扫描术(CT)扫描测量的，所述给予有效降低肿瘤尺寸至少30％。 95.根据权利要求93所述的群体，其中，通过肿瘤病变的直径的基线测量的变化小于10％测量的，所述给予有效稳定肿瘤尺寸，所述肿瘤病变的直径的基线测量通过计算机断层扫描术(CT)扫描测量。 96.根据权利要求92至95中任一项所述的群体，其中，向所述对其有需要的受试者给予约5×104至约1×1012个细胞。 97.根据权利要求92至96中任一项所述的群体，其中，与未治疗的受试者相比，所述给予使所述对其有需要的所述受试者的寿命延长约1周至约50年。 98.根据权利要求89至97中任一项所述的群体，其中，所述工程化细胞被抗体的结合抑制。 99.根据权利要求98所述的群体，其中，所述抗体的结合降低与所述工程化细胞的所述给予相关的毒性。 100.一种多核酸，包含与编码SEQ ID NO：2、SEQ ID NO：3、SEQ ID NO：4的氨基酸19-309，或SEQ ID NO：5的氨基酸21-293中的至少一种的多肽序列的序列至少90％，95％，97％或99％一致的序列。 101.一种工程化细胞，包含与SEQ ID NO：2、SEQ ID NO：3、SEQ ID NO：4的氨基酸19-309或SEQ ID NO：5的氨基酸21-293中的至少一种至少95％，96％，97％，98％或99％一致的受体序列。 102.一种工程化细胞，包含具有与SEQ ID NO：2、SEQ ID NO：3、SEQ ID NO：4的氨基酸19-309、SEQ ID NO：5的氨基酸21-293和SEQ ID NO：6至SEQ ID NO：428中的至少一种至少95％，96％，97％，98％或99％一致的序列的受体的至少一部分。 103.根据权利要求102所述的工程化细胞，其中，将所述工程化细胞扩增至工程化细胞的群体。 104.根据权利要求103所述的工程化细胞，其中，将所述工程化细胞的群体配制为药物组合物。 105.一种多肽，所述多肽当HLA分子与靶细胞上的至少一个另外的HLA分子复合时选择性结合所述靶细胞上的人白细胞抗原(HLA)分子或其部分，其中所述多肽不结合未复合的HLA分子。 106.根据权利要求105所述的多肽，其中，所述HLA分子是HLA-A血清型或其变体，优选地其中所述HLA-A血清型是HLA-A*24，更优选地其中所述HLA-A*24是HLA-A*24:02。 107.根据权利要求105或106所述的多肽，其中，所述靶细胞是癌细胞，优选地其中所述癌细胞异常表达所述HLA分子。 108.根据权利要求105至107中任一项所述的多肽，其中，所述多肽是包含CDR3区的δT细胞受体链或其部分，所述δT细胞受体链或其部分由氨基酸序列表示，所述氨基酸序列包含与氨基酸序列SEQ ID NO：3，SEQ ID NO：5的氨基酸21-293或SEQ ID NO：6至237中的任一种至少60％的序列一致性或相似性。 109.根据权利要求105至107中任一项所述的多肽，其中，所述多肽是包含CDR3区的γT细胞受体链或其部分，所述δT细胞受体链或其部分由氨基酸序列表示，所述氨基酸序列包含与氨基酸序列SEQ ID NO：2，SEQ ID NO：4的氨基酸19-309或SEQ ID NO：238至428中的任一种至少60％的序列一致性或相似性。 110.一种T细胞受体(TCR)，优选工程化的TCR，包含： a.权利要求108中限定的δT细胞受体链或其部分，和 b.权利要求109中限定的γT细胞受体链或其部分。 111.一种编码权利要求105至109中任一项所限定的多肽或权利要求110所述的TCR的核酸分子。 112.一种包含权利要求111所述的核酸分子的核酸构建体。 113.一种包含权利要求112所述的核酸构建体的细胞。 114.一种权利要求105至109所限定的多肽、权利要求110所限定的TCR、权利要求111所述的核酸分子、权利要求112所述的核酸构建体或权利要求113所述的细胞，用作药物。 115.一种权利要求105至109所限定的多肽、权利要求110所限定的TCR、权利要求111所述的核酸分子，权利要求112所述的核酸构建体或权利要求113所述的细胞，用作抗癌或抗感染的药物。 116.一种降低与给予权利要求74至88中任一项所述的工程化细胞或权利要求113所述的细胞相关的毒性的方法，包括向对其有需要的受试者给予至少一种抗体或其部分。 117.根据权利要求116所述的方法，其中，所述抗体是阻断抗体或中和抗体。 118.根据权利要求116至117中任一项所述的方法，其中，所述抗体或其部分抑制所述工程化细胞或所述细胞与表达HLA-A*24:02的细胞的结合。 119.根据权利要求118所述的方法，其中，所述表达HLA-A*24:02的细胞是癌细胞或相当的正常细胞中的至少一种。 120.根据权利要求116至119中任一项所述的方法，其中，所述给予至少一种抗体或其部分降低所述对其有需要的受试者中的细胞因子释放综合征(CRS)、B细胞再生障碍和肿瘤溶解综合征(TLS)中的至少一种的水平。 121.根据权利要求116-120中任一项所述的方法，其中，所述至少一种抗体完全或部分结合所述HLA-A*24:02。 122.根据权利要求121所述的方法，其中，所述抗体是人抗体，人源化抗体或其片段或变体。 123.根据权利要求122所述的方法，其中，所述变体是scFv或scFab。 124.根据权利要求1-48中任一项所述的组合物或药物组合物，其中，所述组合物或药物组合物在具有预定相对湿度的气氛中在25℃或4℃下储存于密封容器中预定量的时间时保持活性。 125.根据权利要求124所述的组合物或药物组合物，其中，所述预定相对湿度为30％，40％，50％，60％，70％，75％，80％，90％或95％相对湿度。 126.根据权利要求124-125中任一项所述的组合物或药物组合物，其中，所述预定时间为至少1个月，2个月，3个月，6个月，1年，1.5年，2年，2.5年或3年。 127.根据权利要求124-126中任一项所述的组合物或药物组合物，通过与复合至至少一种另外的HLA分子的结合而测定的，所述组合物或药物组合物保留至少50％，60％，70％，80％或90％的活性。 |
| 所属类别： | 发明专利 |
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