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原文传递用于鉴定合成分类器的系统和方法

专利名称：	用于鉴定合成分类器的系统和方法
摘要：	本发明提供了鉴定合成分类器的方法，包括使衍生自组群的不同组的至少第一和第二样品与第一多种肽接触。第一多种肽包括限定至少一种天然存在的氨基酸序列的第一肽子集，和限定第一肽子集的多种变体的第二肽子集。对于第一肽组中的每一种，多种变体包括具有取代、缺失、插入、延伸和修饰中的至少一个的变体肽。所述方法还包括从第二肽子集选择多个变体中的至少一种，并定义合成分类器，其包括区分衍生自第一和第二组群的样品的多种变体中的至少一种。
专利类型：	发明专利
国家地区组织代码：	瑞士;CH
申请人：	豪夫迈·罗氏有限公司
发明人：	劳致诚;J.帕特尔;李含樱
专利状态：	有效
申请日期：	2017-09-28T00:00:00+0800
发布日期：	2019-07-30T00:00:00+0800
申请号：	CN201780074917.8
公开号：	CN110073217A
代理机构：	中国专利代理(香港)有限公司
代理人：	梁谋;黄希贵
分类号：	G01N33/564(2006.01);G;G01;G01N;G01N33
申请人地址：	瑞士巴塞尔
主权项：	1.用于鉴定合成分类器的方法，所述方法包括：使至少第一样品和第二样品与第一多种肽接触，所述第一样品衍生自组群的第一组，所述第二样品衍生自组群的第二组，所述第一组不同于所述第二组，并且所述第一多种肽的至少一部分限定至少一种天然存在的氨基酸序列；从第一多种肽选择第一肽子集；使至少第一样品和第二样品与第二多种肽接触，所述第二多种肽的至少一部分包括第一肽子集的多种变体肽，所述多种变体肽的每一种相对于第一肽子集的一个相应肽具有取代、缺失、插入、延伸和修饰中的至少一个；从所述第二多种肽选择第二肽子集，所述第二肽子集包括所述多种变体肽中的至少一种，所述第二肽子集至少部分地限定合成分类器，所述合成分类器区分衍生自第一组的样品和衍生自第二组的样品。 2.权利要求1的方法，其中与由选自第一肽子集的肽组成的天然分类器相比，所述合成分类器以更高的灵敏度和更高的特异性中的至少一种区分衍生自第一组的样品和衍生自第二组的样品。 3.权利要求1的方法，其中所述第一多种肽和第二多种肽中的每种肽的长度在约12个氨基酸和约16个氨基酸之间。 4.权利要求1的方法，其中所述第一多种肽中的肽在1个氨基酸和4个氨基酸之间平铺。 5.权利要求1的方法，其中所述合成分类器是诊断分类器和预后分类器之一。 6.权利要求1的方法，其中所述变体肽的每一种对应于天然存在的肽，并且其中所述变体肽的每一种具有对于至少一个氨基酸位置，与相应的天然存在的肽序列不同的序列。 7.权利要求1的方法，其中所述合成分类器中的多种变体肽中的至少一种是具有如下序列的合成肽，所述序列不同于与第一组和第二组中的任一者相关联的任何天然存在的肽序列。 8.权利要求1的方法，其进一步包括：检测第一样品和第二样品中的每一种与第一多种肽的相互作用的第一信号输出特征；基于第一信号输出选择第一肽子集；检测第一样品和第二样品中的每一种与第二多种肽的相互作用的第二信号输出特征；和基于第二信号输出选择第二肽子集。 9.用于鉴定合成分类器的方法，所述方法包括：使至少第一样品和第二样品与第一多种肽接触，所述第一样品衍生自组群的第一组，所述第二样品衍生自组群的第二组，所述第一组不同于所述第二组，并且所述第一多种肽包括： i) 限定至少一种天然存在的氨基酸序列的第一肽子集，和 ii) 限定第一肽子集的多种变体肽的第二肽子集，所述多种变体肽包括对于第一肽子集的每一种，相对于第一肽子集的一种相应肽具有取代、缺失、插入、延伸和修饰中的至少一个的变体肽；从所述第二肽子集选择多种变体肽中的至少一种；和限定包括所述多种变体肽中的至少一种的合成分类器，所述合成分类器区分衍生自第一组的样品和衍生自第二组的样品。 10.权利要求9的方法，其中所述第一多种肽的至少一部分代表至少约90％的靶蛋白质组，所述靶蛋白质组选自病毒和生物体。 11.权利要求9的方法，其中与由选自第一肽子集的肽组成的天然分类器相比，所述合成分类器以更高的灵敏度和更高的特异性中的至少一种区分衍生自第一组的样品和衍生自第二组的样品。 12.权利要求9的方法，其中所述第一多种肽中的每种肽的长度在约12个氨基酸和约16个氨基酸之间。 13.权利要求9的方法，其中所述第一多种肽中的肽在1个氨基酸和4个氨基酸之间平铺。 14.权利要求9的方法，其中所述变体肽的每一种对应于天然存在的肽，并且其中所述变体肽的每一个具有对于至少一个氨基酸位置，与相应的天然存在的肽序列不同的序列。 15.权利要求9的方法，其中所述合成分类器中的多种变体肽中的至少一种是具有如下序列的合成肽，所述序列不同于与第一组和第二组中的任一者相关联的任何天然存在的肽序列。 16.权利要求9的方法，其进一步包括：检测第一样品和第二样品中的每一种与第一多种肽的相互作用的第一信号输出特征；基于第一信号输出选择第一肽子集。 17.组合物，其包含多种合成肽，每种合成肽相对于限定至少一种天然存在的氨基酸序列的相应肽具有取代、缺失、插入、延伸和修饰中的至少一个，所述合成肽至少部分地限定合成分类器，所述合成分类器已经通过根据权利要求1-14的方法鉴定，并且区分衍生自组群的第一组的样品和衍生自组群的第二组的样品。
所属类别：	发明专利