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原文传递通过识别对FGFR抑制剂治疗敏感的患者来治疗癌症的改进方法

专利名称：	通过识别对FGFR抑制剂治疗敏感的患者来治疗癌症的改进方法
摘要：	提供了通过选择反应监测(SRM)质谱，或也可称为多重反应监测(MRM)质谱的方法，直接定量已固定在福尔马林中的生物样品中特定蛋白质的方法。这类生物样品是经化学保存和固定的，其中，所述生物样品选自使用含试剂/固定剂的甲醛处理的组织和细胞，包括福尔马林固定的组织/细胞、福尔马林固定/石蜡包埋的(FFPE)的组织/细胞、FFPE组织块和来自这些块的细胞，以及经福尔马林固定和/或石蜡包埋的组织培养细胞。使用液体组织试剂和方案从所述生物样品中制备蛋白质样品，并且使用SRM/MRM质谱的方法通过定量蛋白质样品中至少一种或多种所述肽来定量液体组织样品中的指定蛋白质。可以检测和/或定量的蛋白质是TYMP、TROP2、INSR和/或FGFR蛋白质家族。
专利类型：	发明专利
国家地区组织代码：	美国;US
申请人：	爱科谱迅病理研究公司
发明人：	托德·哈姆布拉夫;法比奥拉·切基;S·施瓦兹;K·斯科特
专利状态：	有效
申请日期：	2017-12-06T00:00:00+0800
发布日期：	2019-08-02T00:00:00+0800
申请号：	CN201780075968.2
公开号：	CN110088629A
代理机构：	北京润平知识产权代理有限公司
代理人：	刘依云;乔雪微
分类号：	G01N33/74(2006.01);G;G01;G01N;G01N33
申请人地址：	美国马里兰州
主权项：	1.一种测量福尔马林固定组织的生物样品中蛋白质水平的方法，该方法包括使用质谱检测和定量一种或多种修饰或未修饰的片段肽的含量；以及计算所述样品中所述蛋白质的水平，所述一种或多种修饰或未修饰的片段肽来源于所述生物样品制备的蛋白质消化物中的蛋白质；其中，所述水平是相对水平或绝对水平，并且其中，所述蛋白质选自由TYMP、TROP2、INSR和/或FGFR蛋白质家族所组成的组中。 2.根据权利要求1所述的方法，其中，该方法进一步包括在检测和定量所述一种或多种修饰的或未修饰的片段肽的含量之前对所述蛋白质消化物进行分级的步骤。 3.根据权利要求2所述的方法，其中，所述分级步骤选自由液相色谱、纳米反相液相色谱、高效液相色谱或反相高效液相色谱所组成的组中。 4.根据权利要求1-3中任一项所述的方法，其中，所述蛋白质消化物包括蛋白酶消化物。 5.根据权利要求4所述的方法，其中，所述蛋白质消化物包括胰蛋白酶消化物。 6.根据权利要求1-5中任一项所述的方法，其中，所述质谱包括串联质谱、离子阱质谱、三重四极杆质谱、离子阱/四极杆混合质谱、MALDI-TOF质谱、MALDI质谱和/或飞行时间质谱。 7.根据权利要求6所述的方法，其中，所使用的质谱模式是选择反应监测(SRM)、多重反应监测(MRM)和/或多重选择反应监测(mSRM)。 8.根据权利要求1-7中任一项所述的方法，其中，所述蛋白质是TYMP，并且所述片段肽是SEQ ID NO：1所示的肽。 9.根据权利要求1-7中任一项所述的方法，其中，所述蛋白质是TROP2，并且所述片段肽是SEQ ID NO：2所示的肽。 10.根据权利要求1-7中任一项所述的方法，其中，所述蛋白质是INSR，并且所述片段肽是SEQ ID NO：3所示的肽。 11.根据权利要求1-7中任一项所述的方法，其中，所述蛋白质是FGFR1、2、3和/或4，并且所述片段肽是SEQ ID NO：4所示的泛-FGFR肽。 12.根据权利要求1-7中任一项所述的方法，其中，所述蛋白质是FGFR1、2和/或3，并且所述片段肽是SEQ ID NO：5所示的FGFR肽。 13.根据权利要求1-7中任一项所述的方法，其中，所述蛋白质是FGFR1、3和/或4，并且所述片段肽是SEQ ID NO：6所示的FGFR肽。 14.根据权利要求1-7中任一项所述的方法，其中，所述蛋白质单独为FGFR 1，并且所述片段肽是SEQ ID NO：7所示的唯一的FGFR 1肽。 15.根据权利要求1-7中任一项所述的方法，其中，所述蛋白质单独为FGFR 3，并且所述片段肽是SEQ ID NO：8所示的唯一的FGFR 3肽。 16.根据权利要求1-7中任一项所述的方法，其中，所述蛋白质单独为FGFR 4，并且所述片段肽选自由SEQ ID NO：9和SEQ ID NO：10组成的唯一的FGFR 4肽的组中。 17.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中，所述组织是石蜡包埋组织。 18.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中，所述组织获自肿瘤。 19.根据权利要求18所述的方法，其中，所述肿瘤是原发性肿瘤。 20.根据权利要求18所述的方法，其中，所述肿瘤是继发性肿瘤。 21.根据权利要求1-19中任一项所述的方法，其中，定量所述片段肽包括将一个生物样品中所述片段肽的含量与不同且单独的生物样品中相同片段肽的含量进行比较。 22.根据权利要求1-19中任一项所述的方法，其中，定量所述片段肽包括通过与添加的具有相同氨基酸序列的已知含量的内标肽进行比较来确定生物样品中所述片段肽的含量。 23.根据权利要求22所述的方法，其中，所述内标肽是同位素标记的肽。 24.根据权利要求23所述的方法，其中，所述同位素标记的内标肽包括选自18O、17O、34S、15N、13C和2H或其组合中的一种或多种重稳定同位素。 25.根据权利要求1至24中任一项所述的方法，其中，检测和定量蛋白质消化物中至少一个片段肽的含量指示相应蛋白质的存在以及与受试者中癌症的诊断阶段/等级/状况的关联。 26.根据权利要求1-25中任一项所述的方法，其中，该方法进一步包括关联检测和/或定量至少一种片段肽的含量的结果或相应蛋白质的水平的结果，以了解受试者的最佳癌症治疗疗法。 27.根据权利要求26所述的方法，其中，关联检测和/或定量所述至少一种片段肽的含量的结果或相应蛋白质的水平的结果，以了解受试者的最佳癌症治疗疗法，并以多路格式结合检测和/或定量其他蛋白质或来自其他蛋白质的肽的含量，以提供关于所述受试者的最佳癌症治疗疗法的额外信息。
所属类别：	发明专利