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原文传递方法、阵列和其用途

专利名称：	方法、阵列和其用途
摘要：	本发明提供一种诊断或确定胰腺癌相关疾病状态的方法，其包含或由以下步骤组成：(a)提供来自待测试个体的样品；以及(b)通过测量选自表A中定义的群组的一种或多种生物标志物在所述测试样品中的存在和/或量来确定所述测试样品的生物标志物特征；其中选自表A中定义的群组的所述一种或多种生物标志物在所述测试样品中的存在和/或量指示所述个体中的所述胰腺癌相关疾病；确定胰腺癌相关疾病状态的用途和方法，以及治疗胰腺癌的方法，以及用于其的阵列和试剂盒。
专利类型：	发明专利
国家地区组织代码：	瑞典;SE
申请人：	免疫媒介有限公司
发明人：	卡尔·鲍里贝克;琳达·德克林·梅尔比;安德烈亚斯·尼贝里;克里斯特·韦格伦
专利状态：	有效
申请日期：	2018-01-31T00:00:00+0800
发布日期：	2019-10-11T00:00:00+0800
申请号：	CN201880009309.3
公开号：	CN110325860A
代理机构：	中科专利商标代理有限责任公司
代理人：	张国梁;张莹
分类号：	G01N33/574(2006.01);G;G01;G01N;G01N33
申请人地址：	瑞典兰德
主权项：	1.一种用于诊断或确定胰腺癌相关疾病状态的方法，其包含或由以下步骤组成： (a)提供来自待测试个体的样品；以及 (b)测量选自表A中定义的群组的一种或多种生物标志物在所述测试样品中的存在和/或量；其中选自表A中定义的群组的所述一种或多种生物标志物在所述测试样品中的存在和/或量指示所述个体中的所述胰腺癌相关疾病状态。 2.根据权利要求1所述的方法，其中步骤(a)中的所述样品是血液或血清。 3.根据权利要求1或2所述的方法，其中步骤(a)中的所述样品来自处于以下风险群组之一下的患者： (a)有胰腺癌家族史的个体； (b)被诊断患有新发II型糖尿病的个体；或 (c)具有暗示胰腺癌或与胰腺癌一致的症状的个体。 4.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中步骤(b)包含或由以下组成：测量在表A、部分(i)和/或部分(iii)中列出的一种或多种生物标志物的存在和/或量。 5.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述方法用于： (i)早期胰腺癌的诊断和/或分期； (ii)识别处于患有或罹患胰腺癌的风险下的个体； (iii)胰腺癌的诊断和/或分期； (iv)区分胰腺癌与慢性胰腺炎；和/或 (v)检测导管内乳头状粘液性肿瘤的存在。 6.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述胰腺癌是胰腺癌(pancreaticadenocarcinoma)。 7.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中步骤(b)包含或由以下组成：测量在表A中列出的一种或多种生物标志物，例如在表A中列出的至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28或全部29种所述生物标志物的存在和/或量。 8.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中步骤(b)包含或由测量以下各者的存在和/或量组成： (i)表A中列出的所述生物标志物和补体C1q(C1q；例如Uniprot IDP02745、2746和/或2747)； (ii)表A中列出的所述生物标志物，排除白细胞介素-6(IL-6)和/或GTP结合蛋白GEM(GEM)；或 (iii)表A中列出的所述生物标志物(排除IL-6和GEM)和C1q。 9.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中步骤(b)包含或由测量以下生物标志物的存在和/或量组成： DLG1、PRKCZ、VEGF、C3、C1INH、IL-4、IFNγ、C5、PTK6、CHP1、APLF、CAMK4、MAGI、MARK1、PRDM8、APOA1、CDK2、HADH2、C4、VSX2/CHX10、ICAM-1、IL-13、路易斯x/CD15、MYOM2、FactorP、唾液酸化路易斯x、TNFβ和补体C1q (任选地包括来自表B的一种或多种生物标志物和/或IL-6和/或GEM)。 10.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中步骤(b)包含或由以下组成：测量在表B中列出的一种或多种另外的生物标志物，例如在表B中列出的至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90种或所有所述生物标志物的存在和/或量。 11.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述胰腺癌相关疾病状态是早期胰腺癌。 12.根据权利要求11所述的方法，其中所述方法用于I期和/或II期胰腺癌的诊断。 13.根据权利要求12所述的方法，其中步骤(b)包含或由测量在以下各者中列出的一种或多种生物标志物的存在和/或量组成： (i)表A，部分(i)，例如表A(i)中列出的两种所述生物标志物；和/或 (ii)表A，部分(ii)，例如表A(ii)中列出的至少2、3、4、5、6、7种或所有所述生物标志物；和/或 (iii)表A，部分(iii)，例如表A(iii)中列出的至少2、3、4、5、6种或所有所述生物标志物；和/或 (iv)表A，部分(iv)，例如表A(iv)中列出的至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12种或所有所述生物标志物。 14.根据权利要求12或13所述的方法，其中步骤(b)包含或由以下组成：测量在表C中列出的一种或多种生物标志物，例如在表C中列出的至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24种或所有所述生物标志物的存在和/或量。 15.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述胰腺癌相关疾病状态是晚期胰腺癌。 16.根据权利要求15所述的方法，其中所述方法用于III期和/或IV期胰腺癌的诊断。 17.根据权利要求16所述的方法，其中步骤(b)包含或由测量在以下各者中列出的一种或多种生物标志物的存在和/或量组成： (i)表A，部分(i)，例如表A(i)中列出的两种所述生物标志物；和/或 (ii)表A，部分(ii)，例如表A(ii)中列出的至少2、3、4、5、6、7种或所有所述生物标志物；和/或 (iii)表A，部分(iii)，例如表A(iii)中列出的至少2、3、4、5、6种或所有所述生物标志物；和/或 (iv)表A，部分(iv)，例如表A(iv)中列出的至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12种或所有所述生物标志物。 18.根据权利要求16或17所述的方法，其中步骤(b)包含或由以下组成：测量在表D中列出的一种或多种生物标志物，例如在表D中列出的至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23种或所有所述生物标志物的存在和/或量。 19.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述方法用于区分胰腺癌与慢性胰腺炎。 20.根据权利要求19所述的方法，其中步骤(b)包含或由测量在以下各者中列出的一种或多种生物标志物的存在和/或量组成： (i)表A，部分(i)，例如表A(i)中列出的两种所述生物标志物；和/或 (ii)表A，部分(ii)，例如表A(ii)中列出的至少2、3、4、5、6、7种或所有所述生物标志物；和/或 (iii)表A，部分(iii)，例如表A(iii)中列出的至少2、3、4、5、6种或所有所述生物标志物；和/或 (iv)表A，部分(iv)，例如表A(iv)中列出的至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12种或所有所述生物标志物。 21.根据权利要求19或20所述的方法，其中步骤(b)包含或由以下组成：测量选自由以下组成的群组一种或多种生物标志物的存在和/或量：IL-4、C4、MAPK9、C1INH、VEGF、PTPRD、KCC4、TNF-α、C1q和BTK。 22.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述方法用于检测导管内乳头状粘液性肿瘤，例如恶性IPMN的存在。 23.根据权利要求22所述的方法，其中步骤(b)包含或由测量在以下各者中列出的一种或多种生物标志物的存在和/或量组成： (i)表A，部分(i)，例如表A(i)中列出的两种所述生物标志物；和/或 (ii)表A，部分(ii)，例如表A(ii)中列出的至少2、3、4、5、6、7种或所有所述生物标志物；和/或 (iii)表A，部分(iii)，例如表A(iii)中列出的至少2、3、4、5、6种或所有所述生物标志物；和/或 (iv)表A，部分(iv)，例如表A(iv)中列出的至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12种或所有所述生物标志物。 24.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中步骤(b)包含测量在表A中列出的所有所述生物标志物的存在和/或量(例如，在蛋白质、mRNA和/或ctDNA层面上)。 25.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中步骤(b)包含测量以下各者的存在和/或量：DLG1、PRKCZ、VEGF、C3、C1INH、IL-4、IFNγ、C5、PTK6、CHP1、APLF、CAMK4、MAGI、MARK1、PRDM8、APOA1、CDK2、HADH2、C4、VSX2/CHX10、ICAM-1、IL-13、路易斯x/CD15、MYOM2、Factor P、唾液酸化路易斯x、TNFβ和补体C1q。 26.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其进一步包含或由以下步骤组成： (c)提供一个或多个来自以下的对照样品： i.未患胰腺癌的个体；和/或 ii.患有胰腺癌的个体，其中所述样品的分期与所述测试样品的分期不同；和/或 iii.患有慢性胰腺炎的个体；和 (d)通过测量步骤(b)中测量的所述一种或多种生物标志物在所述对照样品中的存在和/或量来确定所述一种或多种对照样品的生物标志物特征；其中如果步骤(b)中测量的所述一种或多种生物标志物在所述测试样品中的存在和/或量不同于步骤(d)中测量的所述一种或多种生物标志物在所述对照样品中的存在和/或量，则识别所述胰腺癌相关疾病状态。 27.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其进一步包含或由以下步骤组成： (e)提供一个或多个来自以下的对照样品； i.患有胰腺癌的个体；和/或 ii.患有胰腺癌的个体，其中所述样品与所述测试样品在同一分期； (f)通过测量步骤(b)中测量的所述一种或多种生物标志物在所述对照样品中的存在和/或量来确定所述对照样品的生物标志物特征；其中如果步骤(b)中测量的所述一种或多种生物标志物在所述测试样品中的存在和/或量对应于步骤(f)中测量的所述一种或多种生物标志物在所述对照样品中的存在和/或量，则识别所述胰腺癌相关疾病状态。 28.根据权利要求26所述的方法，其中未患胰腺癌的所述个体是健康个体。 29.根据权利要求26或27所述的方法，其中所述一个或多个患有胰腺癌的个体患有选自由以下组成的群组的胰腺癌：腺癌(例如，胰腺导管腺癌或管状乳头状胰腺癌)、胰腺肉瘤、恶性浆液性囊腺瘤、腺鳞癌、印戒细胞癌、肝样癌、胶样癌、未分化癌，和具有破骨细胞样巨细胞的未分化癌。 30.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述胰腺癌是胰腺导管腺癌。 31.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述方法经重复。 32.根据权利要求31所述的方法，其中所述方法使用在与所用的先前测试样品不同的时间段取自相同个体的测试样品重复。 33.根据权利要求32所述的方法，其中所述方法使用距所用的先前测试样品1天至104周之间，例如1周至100周之间、1周至90周之间、1周至80周之间、1周至70周之间、1周至60周之间、1周至50周之间、1周至40周之间、1周至30周之间、1周至20周之间、1周至10周之间、1周至9周之间、1周至8周之间、1周至7周之间、1周至6周之间、1周至5周之间、1周至4周之间、1周至3周之间或1周至2周之间取得的测试样品重复。 34.根据权利要求32或33所述的方法，其中所述方法使用在选自由以下组成的群组的每个时段取得的测试样品重复：1天、2天、3天、4天、5天、6天、7天、10天、2周、3周、4周、5周、6周、7周、8周、9周、10周、15周、20周、25周、30周、35周、40周、45周、50周、55周、60周、65周、70周、75周、80周、85周、90周、95周、100周、104周、105周、110周、115周、120周、125周和130周。 35.根据权利要求32至34中任一项所述的方法，其中所述方法重复至少一次，例如，2次、3次、4次、5次、6次、7次、8次、9次、10次、11次、12次、13次、14次、15次、16次、17次、18次、19次、20次、21次、22次、23次、24次或25次。 36.根据权利要求32至35中任一项所述的方法，其中重复所述方法直到使用常规临床方法在所述个体中诊断出胰腺癌。 37.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中步骤(b)包含测量所述一种或多种生物标志物的蛋白质或多肽的表达。 38.根据权利要求37所述的方法，其中步骤(b)、(d)和/或步骤(f)使用一种或多种能够结合表A中列出的生物标志物蛋白或多肽的第一结合剂进行。 39.根据权利要求38所述的方法，其中所述第一结合剂包含或由抗体或其抗原结合片段组成。 40.根据权利要求39所述的方法，其中所述抗体或其抗原结合片段是重组抗体或其抗原结合片段。 41.根据权利要求39或40所述的方法，其中所述抗体或其抗原结合片段选自由以下组成的群组：scFv；Fab；免疫球蛋白分子的结合结构域。 42.根据权利要求38至41中任一项所述的方法，其中所述第一结合剂固定在表面上。 43.根据权利要求27至42中任一项所述的方法，其中所述测试和/或对照样品中的所述一种或多种生物标志物用可检测部分标记。 44.根据权利要求43所述的方法，其中所述可检测部分选自由以下组成的群组：荧光部分；发光部分；化学发光部分；放射性部分；酶促部分。 45.根据权利要求43或44所述的方法，其中所述可检测部分是生物素。 46.根据权利要求41至45中任一项所述的方法，其中步骤(b)、(d)和/或步骤(f)使用包含能够与所述一种或多种生物标志物结合的第二结合剂的测定进行，所述第二结合剂包含可检测部分。 47.根据权利要求46所述的方法，其中所述第二结合剂包含或由抗体或其抗原结合片段组成。 48.根据权利要求47所述的方法，其中所述抗体或其抗原结合片段是重组抗体或其抗原结合片段。 49.根据权利要求47或48所述的方法，其中所述抗体或其抗原结合片段选自由以下组成的群组：scFv；Fab；免疫球蛋白分子的结合结构域。 50.根据权利要求46至49中任一项所述的方法，其中所述可检测部分选自由以下组成的群组：荧光部分；发光部分；化学发光部分；放射性部分；酶促部分。 51.根据权利要求50所述的方法，其中所述可检测部分是荧光部分(例如Alexa Fluor染料，例如Alexa647)。 52.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述方法包含或由ELISA(酶联免疫吸附剂测定)组成。 53.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中步骤(b)、(d)和/或步骤(f)使用阵列进行。 54.根据权利要求53所述的方法，其中所述阵列选自由以下组成的群组：宏阵列；微阵列；纳米阵列。 55.根据权利要求37至54中任一项所述的方法，其中所述方法包含： (i)用生物素标记所述样品中存在的生物标志物； (ii)使所述生物素标记的蛋白质与包含多个scFv的阵列接触，所述scFv固定在阵列表面上的离散位置，所述scFv对表A中的一种或多种蛋白质具有特异性； (iii)使所述生物素标记的蛋白质(固定在所述scFv上)与包含荧光染料的抗生蛋白链菌素缀合物接触；和 (iv)检测所述阵列表面上离散位置处所述染料的存在其中所述染料在所述阵列表面上的表达指示所述样品中来自表A的生物标志物的表达。 56.根据权利要求1至36中任一项所述的方法，其中，步骤(b)、(d)和/或(f)包含测量编码所述一种或多种生物标志物的核酸分子的表达。 57.根据权利要求56所述的方法，其中所述核酸分子是mRNA分子。 58.根据权利要求56所述的方法，其中所述核酸分子是DNA分子。 59.根据权利要求58所述的方法，其中所述核酸分子是cDNA或ctDNA分子。 60.根据权利要求56至59中任一项所述的方法，其中步骤(b)、(d)和/或(f)中所述一种或多种生物标志物的表达的测量使用选自由以下组成的群组的方法进行：南方杂交、北方杂交、聚合酶链反应(PCR)、逆转录酶PCR(RT-PCR)、定量实时PCR(qRT-PCR)、纳米阵列、微阵列、宏阵列、自动射线照相术和原位杂交。 61.根据权利要求56至60中任一项所述的方法，其中步骤(b)中所述一种或多种生物标志物的表达的测量使用DNA微阵列确定。 62.根据权利要求56至61中任一项所述的方法，其中步骤(b)、(d)和/或(f)中所述一种或多种生物标志物的表达的测量使用一个或多个结合部分进行，所述结合部分各自独立地能够选择性地与编码表A中所识别的所述生物标志物之一的核酸分子结合。 63.根据权利要求62所述的方法，其中所述一个或多个结合部分各自包含或由核酸分子组成。 64.根据权利要求63所述的方法，其中所述一个或多个结合部分各自包含或由以下组成：DNA、RNA、PNA、LNA、GNA、TNA或PMO。 65.根据权利要求63或64所述的方法，其中所述一个或多个结合部分各自包含或由DNA组成。 66.根据权利要求63至65中任一项所述的方法，其中所述一个或多个结合部分的长度为5至100个核苷酸，例如长度为15至35个核苷酸。 67.根据权利要求63至66中任一项所述的方法，其中所述结合部分包含可检测部分。 68.根据权利要求67所述的方法，其中所述可检测部分选自由以下组成的群组：荧光部分；发光部分；化学发光部分；放射性部分(例如，放射性原子)；或酶促部分。 69.根据权利要求68所述的方法，其中所述可检测部分包含或由放射性原子组成。 70.根据权利要求69所述的方法，其中所述放射性原子选自由以下组成的群组：锝-99m、碘-123、碘-125、碘-131、铟-111、氟-19、碳-13、氮-15、氧-17、磷-32、硫-35、氘、氚、铼-186、铼-188和钇-90。 71.根据权利要求68所述的方法，其中所述结合部分的所述可检测部分是荧光部分。 72.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中步骤(a)、(c)和/或(e)中提供的所述样品选自由以下组成的群组：未分级的血液、血浆、血清、组织液、胰腺组织、乳汁、胆汁和尿液。 73.根据权利要求72所述的方法，其中步骤(a)、(c)和/或(e)中提供的所述样品选自由以下组成的群组：未分级的血液、血浆和血清。 74.根据权利要求72或73所述的方法，其中步骤(a)、(c)和/或(e)中提供的所述样品是血清。 75.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中如通过ROC AUC值所确定，所述方法的预测准确度为至少0.50，例如至少0.55、0.60、0.65、0.70、0.75、0.80、0.85、0.90、0.95、0.96、0.97、0.98或至少0.99。 76.根据权利要求75所述的方法，其中如通过ROC AUC值所确定，所述方法的预测准确度为至少0.70。 77.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其进一步包含一个或多个进一步的临床研究(如测试活组织检查样品和/或所述患者的体内成像)以确认或确立诊断。 78.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中如果所述个体被诊断患有胰腺癌，则所述方法包含向所述个体提供胰腺癌治疗的步骤(g)。 79.根据权利要求78所述的方法，其中所述胰腺癌治疗选自由以下组成的群组：手术、化疗、放射疗法、免疫疗法、化学免疫疗法、热化学疗法和其组合。 80.根据权利要求78或79所述的方法，其中所述胰腺癌治疗包含或由以下组成：完全或部分地手术去除胰腺(例如使用胰十二指肠切除术(Whipple procedure)去除胰头或全胰切除)以及化疗(例如吉西他滨和/或5-氟尿嘧啶)。 81.一种用于确定个体中胰腺癌的存在或患胰腺癌风险的阵列，其包含一种或多种试剂，用于检测表A中定义的一种或多种所述生物标志物在来自所述个体的蛋白质和/或核酸样品中的存在。 82.根据权利要求81所述的阵列，其中用于检测表A中定义的一种或多种所述生物标志物在样品中的存在的所述一种或多种试剂是根据权利要求39至42或63至71中任一项所述的一种或多种结合剂。 83.根据权利要求81或82所述的阵列，其中所述阵列包含能够结合表A中定义的所有所述生物标志物的试剂。 84.根据权利要求81或82所述的阵列，其中所述阵列包含能够结合以下生物标志物的试剂： DLG1、PRKCZ、VEGF、C3、C1INH、IL-4、IFNγ、C5、PTK6、CHP1、APLF、CAMK4、MAGI、MARK1、PRDM8、APOA1、CDK2、HADH2、C4、VSX2/CHX10、ICAM-1、IL-13、路易斯x/CD15、MYOM2、FactorP、唾液酸化路易斯x、TNFβ和补体C1q (任选地包括来自表B的一种或多种生物标志物和/或IL-6和/或GEM)。 85.根据权利要求81至84中任一项所述的阵列，其中所述阵列包含能够在蛋白质层面上结合所有所述生物标志物的抗体或其抗原结合片段。 86.根据权利要求85所述的阵列，其中所述阵列包含表7中所识别的一种或多种所述抗体。 87.根据权利要求85所述的阵列，其中所述阵列包含或由表8中的所有所述抗体组成。 88.根据权利要求81至84中任一项所述的阵列，其中所述阵列包含能够在mRNA和/或DNA层面上结合所有生物标志物的试剂。 89.根据权利要求81至88中任一项所述的阵列，其进一步包含阳性对照样品(如牛血清白蛋白)。 90.根据权利要求81至89中任一项所述的阵列，其进一步包含阴性对照样品(如磷酸盐缓冲盐水)。 91.一种选自表A中定义的群组的一种或多种生物标志物的用途，其用作用于确定个体中胰腺癌的存在或患胰腺癌风险的生物标志物。 92.根据权利要求91所述的用途，其中所述一种或多种生物标志物包含以下生物标志物： DLG1、PRKCZ、VEGF、C3、C1INH、IL-4、IFNγ、C5、PTK6、CHP1、APLF、CAMK4、MAGI、MARK1、PRDM8、APOA1、CDK2、HADH2、C4、VSX2/CHX10、ICAM-1、IL-13、路易斯x/CD15、MYOM2、FactorP、唾液酸化路易斯x、TNFβ和补体C1q (任选地包括来自表B的一种或多种生物标志物加上IL-6和GEM)。 93.根据权利要求91或92所述的用途，其中表A中定义的所有所述生物标志物一起用作诊断特征，用于确定个体中胰腺癌的存在。 94.一种用于确定胰腺癌的存在或患胰腺癌风险的试剂盒，其包含： (a)根据权利要求81至90中任一项所述的阵列，或用于制造其的组件；和 (b)用于进行根据权利要求1至80中任一项所述的方法的说明书。 95.一种治疗个体的胰腺癌的方法，其包含以下步骤： (a)根据权利要求1至80中任一项所述的方法诊断胰腺癌；和 (b)向所述个体提供胰腺癌治疗。 96.根据权利要求95所述的方法，其中步骤(a)进一步包含一个或多个进一步的临床研究(如测试活组织检查样品和/或患者的体内成像)以确认或确立诊断。 97.根据权利要求95或96所述的方法，其中所述胰腺癌治疗选自由以下组成的群组：手术(例如切除)、化疗、免疫疗法、化学免疫疗法和热化疗。 98.根据权利要求95至97中任一项所述的方法，其中所述胰腺癌治疗包含完全或部分地手术去除所述胰(例如使用胰十二指肠切除术去除胰头或全胰切除术)以及化疗(例如吉西他滨和/或5-氟尿嘧啶)。 99.一种基本上如本文所述的确定个体中胰腺癌的存在的方法或用途。 100.一种基本上如本文所述的用于确定个体中胰腺癌的存在的阵列或试剂盒。
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