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原文传递鉴别表位的方法

专利名称：	鉴别表位的方法
摘要：	本发明涉及鉴别蛋白质上可被抗体结合的表位的方法。本发明的方法通常包括蛋白质的限制性或约束性蛋白水解步骤以及蛋白质上被所用蛋白酶切割的位点的鉴别。本发明还涉及与已通过本发明方法鉴别的表位结合的抗体。
专利类型：	发明专利
国家地区组织代码：	瑞典;SE
申请人：	欧比力克治疗公司
发明人：	O·奥尔瓦;C·特尔库利亚;M·戴维森
专利状态：	有效
申请日期：	2017-09-01T00:00:00+0800
发布日期：	2019-05-21T00:00:00+0800
申请号：	CN201780058673.4
公开号：	CN109791156A
代理机构：	北京信诺创成知识产权代理有限公司
代理人：	尹吉伟
分类号：	G01N33/68(2006.01);G;G01;G01N;G01N33
申请人地址：	瑞典哥德堡
主权项：	1.一种鉴别蛋白质上可被抗体结合的表位的方法，所述方法包括： (i)用一种或多种蛋白酶执行所述蛋白质的计算机模拟蛋白酶消化，以鉴别蛋白质上被预测为被所述一种或者多种蛋白酶切割的位点； (ii)在体外用一种或多种蛋白酶进行所述蛋白质的限制性或约束性蛋白水解； (iii)通过步骤(ii)的体外蛋白酶消化鉴别从所述蛋白质释放的肽，从而鉴别切割位点； (iv)将步骤(i)中鉴别的计算机模拟预测的切割位点与步骤(iii)中鉴别的切割位点进行比较； (v)探测蛋白质区域中的一个或多个表位，所述蛋白质区域包含或侧接切割位点，所述切割位点是步骤(i)中鉴别的计算机模拟预测的蛋白酶切割位点，但不是步骤(iii)中用一种或者多种抗体鉴别的切割位点；和 (vi)鉴别所述一种或多种抗体是否与所述一种或多种表位结合，从而鉴别可被抗体结合的蛋白质上的表位。 2.根据权利要求1所述的方法，进一步包括进行蛋白质同源建模以预测哪些计算机模拟预测的蛋白酶切割位点可能被暴露。 3.根据权利要求1或2所述的方法，进一步包括进行抗体片段或蛋白酶的计算机模拟对接以预测哪些计算机模拟预测的切割位点可能在体外被切割。 4.根据权利要求1-3中任意一项所述的方法，其中使用单一蛋白酶。 5.根据权利要求1-3中任意一项所述的方法，其中使用多种蛋白酶。 6.根据权利要求1-5中任意一项所述的方法，其中所述蛋白酶选自：胰蛋白酶、Arg-C蛋白酶、Asp-N内肽酶、梭菌蛋白酶、谷氨酰内肽酶、Lys-C、Lys-N、胰凝乳蛋白酶、蛋白酶K、嗜热菌蛋白酶、胃蛋白酶、半胱天冬酶1、半胱天冬酶2、半胱天冬酶3、半胱天冬酶4、半胱天冬酶5、半胱天冬酶6、半胱天冬酶7、半胱天冬酶8、半胱天冬酶9、半胱天冬酶10、肠激酶、因子Xa、颗粒酶B、中性白细胞弹性蛋白酶、脯氨酸-内肽酶、葡萄球菌肽酶I和凝血酶。 7.根据权利要求1-6中任意一项所述的方法，其中所述蛋白酶选自：胰蛋白酶、Asp-N内肽酶、胰凝乳蛋白酶、胃蛋白酶和蛋白酶K。 8.根据权利要求1-7中任意一项所述的方法，其中所述蛋白质是存在于衍生自细胞的蛋白脂质体中的膜蛋白质。 9.根据权利要求8所述的方法，其中所述蛋白脂质体固定在流动池中以产生膜蛋白的固定相。 10.根据权利要求1-9中任意一项所述的方法，其中通过步骤(ii)的体外蛋白酶消化鉴别从所述蛋白质中释放的肽，从而鉴别切割位点，通过质谱法进行。 11.根据权利要求1-10中任意一项所述的方法，其中所述方法还包括在步骤(v)之前生成一个或多个分离的表位的步骤，所述分离的表位具有对应于所述蛋白质上的一个或多个表位的序列，所述一个或多个表位位于含有或侧接切割位点的蛋白质区域中，所述切割位点是步骤(i)中鉴别的计算机模拟预测的蛋白酶切割位点，而不是步骤(iii)中鉴别的切割位点，和产生与所述分离的表位结合的抗体，和在步骤(v)中使用所述抗体探测所述蛋白质的所述一个或多个表位。 12.根据权利要求1-11中任意一项所述的方法，其中探测多个表位。 13.根据权利要求1-12中任意一项所述的方法，其中所述表位在所述切割位点的20个氨基酸内，所述切割位点是步骤(i)中鉴别的计算机模拟预测的蛋白酶切割位点，而不是步骤(iii)中鉴别的切割位点。 14.根据权利要求1-13中任意一项所述的方法，其中探测多个表位，并且所述多个表位是一组表位，其中所述组中每个表位的序列相对于所述组中的另一个表位偏移1、2或3个氨基酸。 15.一种鉴别蛋白质上可被抗体结合的表位的方法，所述方法包括： (i)在将所述蛋白质暴露于通过一种或多种蛋白酶的限制性或约束性蛋白水解后，鉴别所述一种或多种蛋白酶切割所述蛋白质的位点；和 (ii)探测所述蛋白质上的多个表位，所述表位位于切割位点之间、与切割位点重叠或位于侧接具有针对所述表位的抗体的切割位点的区域中，从而鉴别可以由抗体结合的一个或多个表位。 16.根据权利要求15的方法，其中使用单一蛋白酶。 17.根据权利要求15的方法，其中使用多种蛋白酶。 18.根据权利要求15-17中任意一项所述的方法，其中所述蛋白酶选自：胰蛋白酶、Arg-C蛋白酶、Asp-N内肽酶、梭菌蛋白酶、谷氨酰内肽酶、Lys-C、Lys-N、胰凝乳蛋白酶、蛋白酶K、嗜热菌蛋白酶、胃蛋白酶、半胱天冬酶1、半胱天冬酶2、半胱天冬酶3、半胱天冬酶4、半胱天冬酶5、半胱天冬酶6、半胱天冬酶7、半胱天冬酶8、半胱天冬酶9、半胱天冬酶10、肠激酶、因子Xa、颗粒酶B、中性白细胞弹性蛋白酶、脯氨酸-内肽酶、葡萄球菌肽酶I和凝血酶。 19.根据权利要求15-18中任意一项所述的方法，其中所述蛋白酶选自：胰蛋白酶、Asp-N内肽酶、胰凝乳蛋白酶、胃蛋白酶和蛋白酶K。 20.根据权利要求15-19中任意一项所述的方法，其中所述蛋白质是存在于衍生自细胞的蛋白脂质体中的膜蛋白质。 21.根据权利要求20的方法，其中所述蛋白脂质体固定在流动池中以产生膜蛋白的固定相。 22.根据权利要求15-21中任意一项所述的方法，其中使用质谱法鉴别一种或多种蛋白酶切割所述蛋白质的所述位点。 23.根据权利要求15-22中任意一项所述的方法，其中所述方法还包括步骤(ii)之前产生多个分离的表位的步骤，所述分离的表位具有对应于所述蛋白质上表位的序列，所述表位位于切割位点之间、与切割位点重叠或位于侧接切割位点的区域中，和产生与所述分离的表位结合的抗体，和在步骤(ii)中使用所述抗体探测所述蛋白质上的所述多个表位。 24.根据权利要求15-23中任意一项所述的方法，其中所述表位在所述切割位点的20个氨基酸内。 25.根据权利要求15-24中任意一项所述的方法，其中所述多个表位是一组表位，其中所述组中每个表位的序列相对于所述组中的另一个表位偏移1、2或3个氨基酸。 26.根据权利要求1至25中任意一项所述的方法，其中所述方法还包括产生针对由权利要求1至25中任意一项鉴别的表位的抗体的步骤。 27.通过权利要求1至25中任意一项所述的方法鉴别的表位。 28.一种结合权利要求27所述的表位的抗体。
所属类别：	发明专利