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原文传递一种DNA编码苗头化合物活性检测的方法

专利名称：	一种DNA编码苗头化合物活性检测的方法
摘要：	本发明涉及一种DNA编码苗头化合物活性检测的方法，该方法包括：根据DNA编码化合物库筛选分析得到DNA苗头化合物，按照DNA编码化合物库合成策略在带有可切断基团的DNA上进行潜在的苗头化合物的重合成，在特定条件下将DNA与潜在的苗头化合物进行分离，将潜在的苗头化合物与靶点蛋白进行功能性筛选，找到有活性的苗头化合物样本。本发明通过可切断基团来分离DNA与苗头化合物，避免DNA对筛选造成影响，通过功能性筛选，找到有活性的苗头化合物样本，缩小了下一步DNA编码化合物库中苗头化合物的重合成范围。
专利类型：	发明专利
国家地区组织代码：	四川;51
申请人：	成都先导药物开发股份有限公司
发明人：	李进;甘易;阙嘉敏;冯静;刘观赛;万金桥
专利状态：	有效
申请日期：	2022-06-02T00:00:00+0800
发布日期：	2022-12-06T00:00:00+0800
申请号：	CN202210597755.9
公开号：	CN115436331A
分类号：	G01N21/64;G01N30/02;G01N30/06;G01N30/72;G01N33/68;G;G01;G01N;G01N21;G01N30;G01N33;G01N21/64;G01N30/02;G01N30/06;G01N30/72;G01N33/68
申请人地址：	610200 四川省成都市双流区(天府国际生物城)慧谷东一路8号6栋
主权项：	1.一种DNA编码苗头化合物活性检测的方法，其特征在于：该方法包括以下步骤： (1)带有可切断基团的DNA编码苗头化合物的合成：针对靶点蛋白DNA编码化合物库筛选数据信号，按照其富集度由高到低进行排序，确定潜在的DNA编码苗头化合物的分子序列信息及合成路径，并以所述合成路径在带有可切断基团的DNA上对所有潜在的DNA编码苗头化合物进行合成； (2)苗头化合物的释放：将上述带有可切断基团的DNA编码苗头化合物进行切断操作，然后分离DNA与苗头化合物，得到不含DNA的苗头化合物； (3)通过功能性筛选找出具有活性的苗头化合物样本：筛选样本的准备：使用筛选缓冲溶液配制所述不含DNA的苗头化合物的筛选前样本；实验组将筛选前样本与靶点蛋白进行孵育；参照组将筛选缓冲溶液与靶点蛋白进行孵育；空白组只加入筛选缓冲溶液；然后向实验组、参照组、空白组中分别加入蛋白活性检测试剂，对靶点蛋白的活性进行检测；筛选样本蛋白活性抑制率＝1-(实验组荧光信号-空白组荧光信号)/(参照组荧光信号-空白组荧光信号)；上述实验重复做3次，若三组数据的平均蛋白活性抑制率>10％，且三组数据之间的显著性差异值(P)小于0.05，则判定该筛选样本中含有对蛋白起抑制作用的苗头化合物。 2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于：所述带有可切断基团的DNA编码苗头化合物的结构为： DNA-L-A-M 其中，结构式中DNA包含由人工修饰的和/或未修饰的核苷酸单体聚合得到的单链或双链的核苷酸链，该核苷酸链通过一个或多个化学键或基团与L相连； L为连接链或无； A为可切断基团； M为苗头化合物部分。 3.根据权利要求2所述的方法，其特征在于：所述可切断基团A为：所述R选自氢、苯基、C1-C10烷氧基或者C1-C10烷基。 4.根据权利要求3所述的方法，其特征在于：所述带有可切断基团的DNA编码苗头化合物的结构为：所述R选自C1-C10烷氧基或者C1-C10烷基。 5.根据权利要求1～4任一项所述的方法，其特征在于：所述步骤(2)的切断操作是通过光照将可切断基团进行切断，所述光照波长为250～400nm。 6.根据权利要求1所述的方法，其特征在于：步骤(1)中所述在带有可切断基团的DNA编码苗头化合物进行合成的具体步骤包括：根据该苗头化合物在库合成时所遵循的合成路线、后处理操作和纯化方式依次将各个维度的反应砌块和DNA进行化学反应组装；其中每一维度反应结束后进行醇沉操作，然后将所有反应产物投入下一个维度的循环反应中。 7.根据权利要求6所述的方法，其特征在于：所述醇沉操作是依次加入10％体积比的5.0mol/L的氯化钠溶液和3倍体积的无水乙醇，然后在-20℃以下冷冻40分钟，再进行离心、去除上清操作。 8.根据权利要求7所述的方法，其特征在于：将步骤(1)中带有可切断基团的DNA编码苗头化合物合成完毕后进行醇沉操作，然后通过过滤器过滤并进行冻干。 9.根据权利要求1所述的方法，其特征在于：在步骤(1)中还包括：得到带有可切断基团的DNA编码苗头化合物后，通过液相色谱质谱联用解析在DNA上合成的目标产物的收率情况，以及副产物情况，计算得到的带有可切断基团的DNA编码苗头化合物浓度和纯度。 10.根据权利要求1所述的方法，其特征在于：在步骤(2)中还包括：切断操作后，通过液相色谱质谱联用解析得到切断步骤的转化率。 11.根据权利要求9或10所述的方法，其特征在于：步骤(2)中不含DNA的苗头化合物的浓度通过切断前带有可切断基团的DNA编码苗头化合物浓度和纯度、切断转化率计算得到。 12.根据权利要求1所述的方法，其特征在于：在步骤(2)中分离DNA与苗头化合物的方法包括：通过过滤器分离DNA与苗头化合物；或者通过固相载体分离DNA与苗头化合物。 13.根据权利要求1所述的方法，其特征在于：步骤(3)实验组中靶点蛋白的含量为0.001-0.2pmol，筛选前样本中不含DNA的苗头化合物的浓度为0.1-10mM。 14.根据权利要求1所述的方法，其特征在于：步骤(3)中具体包括：实验组将靶点蛋白与不含有DNA的苗头化合物的筛选前样本共孵育，25℃预孵育10-90min后对蛋白活性进行检测。 15.根据权利要求1所述的方法，其特征在于：步骤(3)中具体包括：参照组将靶点蛋白与筛选缓冲溶液共孵育，25℃预孵育10-90min后对蛋白活性进行检测；空白组只加入筛选缓冲溶液；25℃预孵育10-90min后对蛋白活性进行检测。 16.根据权利要求1所述的方法，其特征在于：步骤(3)中的筛选缓冲溶液为：40mMTris，20mM MgCl2，0.05mM DTT，0.1％BSA，pH 7.5。 17.根据权利要求1所述的方法，其特征在于：所述蛋白活性检测试剂选自ADP-GloTMKinase试剂或Cathepsin-D试剂。