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原文传递用于鉴定总体不良预后亚组中持久受益于免疫疗法的癌症患者的方法

专利名称：	用于鉴定总体不良预后亚组中持久受益于免疫疗法的癌症患者的方法
摘要：	使来自癌症患者的基于血液的样品经受质谱分析，并且借助于计算机对所得到的质谱数据进行分类，以查看患者是否是具有不良预后的一类患者的成员。如果是这样，则质谱数据借助于计算机通过第二分类器进一步分类，该第二分类器鉴定患者是否仍然可能从免疫治疗药物例如免疫检查点抑制剂、抗CTLA4药物和高剂量白细胞介素‑2中获得持久益处。
专利类型：	发明专利
国家地区组织代码：	美国;US
申请人：	佰欧迪塞克斯公司
发明人：	C.奥利维拉;H.勒德;J.格里戈里瓦;J.勒德
专利状态：	有效
申请日期：	2018-01-05T00:00:00+0800
发布日期：	2019-10-25T00:00:00+0800
申请号：	CN201880015865.1
公开号：	CN110383069A
代理机构：	中国专利代理(香港)有限公司
代理人：	初明明;李志强
分类号：	G01N33/574(2006.01);G;G01;G01N;G01N33
申请人地址：	美国科罗拉多州
主权项：	1.一种用于鉴定可能从免疫治疗药物中获得持久益处的癌症患者的方法，所述方法包括以下步骤： a.对所述癌症患者的基于血液的样品进行测试，所述测试将患者鉴定为在确定为不良预后亚组的患者类别中，以及 b.用分类器对从基于血液的样品中获得的质谱数据进行分类，所述分类器产生晚期或等价物的类别标签，其将患者鉴定为可能从免疫治疗药物中获得持久益处。 2.根据权利要求1所述的方法，其中所述癌症患者患有肺癌、肾细胞癌或黑素瘤。 3.一种配置为从基于血液的样品的质谱数据生成的分类器的计算机，所述基于血液的样品从确定为在不良表现亚组中的癌症患者子集获得，其中所述分类器由得自基于血液的样品的质谱数据生成类别标签，其鉴定可能对免疫治疗药物具有持久应答的患者。 4.根据权利要求1或权利要求2所述的方法，其中所述药物包含阻断PD-1检查点蛋白的配体激活的抗体药物、抗-CTLA4药物、高剂量白细胞介素-2和组合疗法。 5.根据权利要求3所述的分类器，其中所述药物包含阻断PD-1检查点蛋白的配体激活的抗体药物、抗-CTLA4药物、高剂量白细胞介素-2和组合疗法。 6.一种用于使用配置为分类器的计算机对来自癌症患者的基于血液的样品的质谱数据进行分类的方法，其包括以下步骤： a)用第一阶段分类器对样品进行分类，所述第一阶段分类器鉴定患者是否是具有不良预后的患者亚组的成员，并且如果是这样，则 b)用第二阶段分类器对样品进行分类，其生成早期类别标签或等价物或者晚期类别标签或等价物，其中晚期类别标签或等价物指示患者可能从免疫治疗药物中获得持久益处。 7.根据权利要求6所述的方法，其中所述第一阶段分类器包括BDX008、VeriStrat或“NSCLC分类器”。 8.根据权利要求6所述的方法，其中所述第二阶段分类器包括新分类器1或新分类器2。 9.根据权利要求9所述的方法，其中所述患者是NSCLC患者、肾细胞癌患者或黑素瘤患者。 10.根据权利要求6所述的方法，其中所述免疫治疗药物包含阻断PD-1检查点蛋白的配体激活的抗体药物、抗-CTLA4药物、高剂量白细胞介素-2和组合疗法。 11.根据权利要求1或权利要求6所述的方法，其中所述免疫治疗药物包含两种免疫治疗药物的组合。 12.一种计算机，所述计算机配置有存储质谱数据的参考集合的存储器和根据新分类器1或新分类器2或“NSCLC分类器”实现分类程序的程序代码。 13.根据权利要求12所述的计算机，其中所述质谱数据的参考集合包括表25中列出的特征的特征值。 14.一种实验室测试中心，其包括质谱仪和如权利要求12或权利要求13所述的计算机。 15.一种肺癌分类器，其包括用与急性应答生物功能相关的质谱特征训练的第一分类器，以及在与伤口愈合功能而不是急性应答或免疫应答生物功能相关的质谱特征上训练的第二分类器，并且其中所述质谱特征得自对来自随后用免疫治疗药物治疗的一组肺癌患者的基于血液的样品执行的质谱法。 16.一种用于指导癌症患者的治疗的方法，其包括以下步骤：使用配置为新分类器1或新分类器2的计算机，与鉴定不良预后亚组中的患者的第一分类器组合，以鉴定如果存在从包括免疫检查点抑制剂的免疫疗法中获益，也不太可能获益很多，但可能在如多西他赛的标准化学疗法上做得一样好或可能更好的患者。
所属类别：	发明专利